عرض مصدر فيروس

{{رسالة توضيح 1|الفيروسات الحية|فيروسات الحاسوب|فيروس الحاسوب}}
{{لمدخل|مدخل إلى الفيروسات}}
{{Taxobox
| color              = violet
| name               = الفيروسات
| image              = Rotavirus Reconstruction.jpg
| image_caption      = [[الفيروسة العجلية]]
| virus_group        = I–VII
| subdivision_ranks  = المجموعات
| subdivision        = I: [[فيروس دنا|فيروسات ذات الدنا ثنائي السلسلة]]<br />
II: [[فيروس دنا|فيروسات ذات الدنا أحادي السلسلة]]<br />
III: [[فيروسات ذات الرنا ثنائي السلسلة]]<br />
IV:  [[فيروسات إيجابية ذات الرنا أحادي السلسلة]]<br />
V:  [[فيروسات سلبية ذات الرنا أحادي السلسلة]]<br />
VI:  [[فيروسات النسخ العكسي ذات الرنا أحادي السلسلة]]<br />
VII:  [[فيروسات النسخ العكسي ذات الدنا ثنائي السلسلة]]}}
'''الفيروسات''' أو '''الحُمَات''' مفردها '''فيروس''' أو '''حُمَة''' {{لات|Virus}} وتعني فيروس في اليونانية «[[ذيفان]]» أو «[[سم]]» وهو [[ممراض|عامل ممراض]] صغير لا يمكنه التكاثر اٍلا داخل خلايا كائن حي آخر. الفيروسات صغيرة جدا ولا يمكن مشاهدتها [[المجهر الضوئي ذو الأطوار المتباينة|بالمجهر الضوئي]]. تصيب الفيروسات جميع أنواع الكائنات الحية، من [[حيوان|الحيوانات]] و[[نبات|النباتات]] اٍلى [[بكتيريا|البكتيريا]] و[[عتائق|العتائق]].<ref name="pmid16984643"/> على الرغم من أن هناك الملايين من الأنواع المختلفة،<ref name="Breitbart M, Rohwer F 2005 278–84">{{cite journal|author=Breitbart M, Rohwer F|title=Here a virus, there a virus, everywhere the same virus?|journal=Trends Microbiol |volume=13|issue=6|pages=278–84|year=2005|month=June|pmid=15936660|doi=10.1016/j.tim.2005.04.003}}</ref> لم يتم وصف إلا حوالي 5.000 من الفيروسات بالتفصيل،<ref name="Dimmock p. 49">Dimmock p. 49</ref> 
وذلك منذ الاٍكتشاف الأولي ل[[فيروس تبرقش التبغ]] من قبل [[مارتينوس بيجيرينك]] عام [[1898]].<ref name="Dimmock"/> 
الفيروسات موجودة تقريبا في كل النظم الإيكولوجية على الأرض، وتعتبر هذه الهياكل الدقيقة (الفيروسات) الكيان البيولوجي الأكثر وفرة في الطبيعة.<ref name="Lawrence"/><ref>{{cite journal|author=Edwards RA, Rohwer F|title=Viral metagenomics|journal=Nat. Rev. Microbiol. |volume=3|issue=6|pages=504–10|year=2005|month=June|pmid=15886693|doi=10.1038/nrmicro1163}}</ref> دراسة الفيروسات معروفة ب[[علم الفيروسات]]، وهو تخصص فرعي في [[علم الأحياء الدقيقة]].

خلافا [[بريون|للبريونات]] و[[شبيه فيروس|أشباه الفيروسات]]، تتكون الفيروسات من جزئين أو ثلاثة: كل الفيروسات لها [[مورثة|مورثات]] مكونة من [[دنا|الدنا]] أو [[الرنا]]، ([[جزيء|جزيئات]] طويلة تحمل المعلومات الجينية) كما لها [[غلاف الفيروس|غلاف]] [[بروتين|بروتيني]] يحمي هذه الجينات; وبعضها محاطة بغلاف دهني يحيط بها عندما تكون خارج الخلية المضيفة. أشباه الفيروسات لا تملك غلافا بروتينيا والبريونات ليس لها [[دنا]] أو [[حمض ريبي نووي|رنا]]. 

تختلف أشكال الفيروسات من بسيطة [[لولب|كالولبية]] و[[عشروني الوجوه|عشرونية الوجوه]]، اٍلى بنى معقدة جدا. معظم الفيروسات أصغر من البكتيريا المتوسطة بحوالي مائة مرة. يبقى أصل الفيروسات في [[نظرية التطور|تاريخ تطور الحياة]] غير واضح، بعضها ربما [[نظرية التطور|تطور]] من [[بلازميد|البلازميدات]] (جزيئات من الدنا يمكنها الاٍنتقال من خلية لأخرى) في حين يمكن لأخرى أن تكون تطورة من البكتيريا. في التطور الفيروسات عامل مهم في [[نقل الجينات الأفقي]]، مما يزيد [[تنوع جيني|التنوع الجيني]].<ref>{{cite journal|author=Canchaya C, Fournous G, Chibani-Chennoufi S, Dillmann ML, Brüssow H|title=Phage as agents of lateral gene transfer|journal=Curr. Opin. Microbiol. |volume=6 |issue=4 |pages=417–24 |year=2003 |month=August |pmid=12941415|doi=10.1016/S1369-5274(03)00086-9}}</ref>

تنتشر الفيروسات بالعديد من الطرق: فيروسات النبات تنتقل من نبات إلى آخر غالبا عن طريق الحشرات التي تتغذى على [[نسغ|النسغ]]، مثل [[من|المن]]، في حين أن فيروسات الحيوان يمكن أن يحملها دم الحشرات الماصة المعروفة باسم [[ناقل (وبائيات)|النواقل]]. [[إنفلونزا|فيروس الاٍنفلونزا]] ينتشر عن طريق السعال والعطس. 

الفيروسة العجلية المسببة ل[[التهاب المعدة والأمعاء]] الفيروسي تنتقل عبر ال[[طريق فموي-شرجي|طريق الفموي الشرجي]] وتنتقل كذلك من شخص إلى آخر عن طريق الاتصال، وتدخل الجسم مع الطعام أو الماء. 

[[فيروس نقص المناعة البشرية]] هو واحد من الفيروسات المنقولة عن [[جماع|طريق الجنس]]، أو التعرض لدم مصاب بالعدوى (مثلا عن طريق الحقن). 

العدوى الفيروسية لدى الحيوانات تثير الاٍستجابة المناعية التي عادة ما تقضي على هذا الفيروس المعدى. هذه الاٍستجابة المناعية يمكن أيضا أن تكون ناتجة عن [[لقاح|اللقاحات]] والتي تمنح حصانة ضد الإصابة بفيروس معين. ومع ذلك، بعض الفيروسات مثل فيروس نقص المناعة البشرية وتلك التي تسبب [[التهاب كبدي فيروسي|الاٍلتهاب الكبدي الفيروسي]] يمكنها التملص من هذه الاٍستجابة المناعية، وتسبب [[مزمن (طب)|التهابات مزمنة]]. الكائنات المجهرية أيضا تملك دفاعات ضد العدوى الفيروسية، مثل [[نظم تعديل القيد]].

لا يوجد [[مضاد حيوي|للمضادات الحيوية]] أي تأثير على الفيروسات لدى تم تطوير بضعة [[عقار مضاد الفيروسات|أدوية مضادة للفيروسات]]، نظراً لوجود عدد قليل من الأهداف لهذه العقاقير لتتداخل معه فهي قليلة نسبيا. هذا لأن الفيروس يعيد برمجة خليته المضيفة لاٍنتاج فيروسات جديدة، وجعل تقريبا كل البروتينات المستعملة في هذه العملية جزء طبيعي من الذات، مع عدد قليل فقط من البروتينات الفيروسية.

== أصل الكلمة ==
الكلمة من [[لغة لاتينية|اللاتينية]] virus تشير اٍلى [[سم|سم قاتل]] وغيره من المواد الضارة، أول اٍستعمال لها في الاٍنجليزية كان سنة 1392.<ref name="Etymology_Dictionary">{{cite web
|title=virus
|work=The Online Etymology Dictionary
|url=http://www.etymonline.com/index.php?term=virus
|accessdate=12 September 2008}}</ref> أما معناها "العامل المسبب للأمراض المعدية" فاستعمل لأول مرة سنة [[1728]]، <ref name="Etymology_Dictionary"/> وذلك قبل اكتشاف الفيروسات من قبل [[ديمتري إيفانوفسكي]] في عام 1892. في الأخير صفة viral (فيروسي) تعود لعام 1948.<ref name="OED2">{{cite web
|title=viral, a.
|work=The Oxford English Dictionary&nbsp;— Online
|url=http://dictionary.oed.com
|accessdate=12 September 2008}}</ref> 

مصطلح virion (فيريون) يستخدم أيضا للدلالة على الجسم الفيروسي المعدي الوحيد. ومجموعها ''فيروسات''.

== تاريخ علم الفيروسات ==
[[ملف:Mwb in lab.JPG|تصغير|250 بك|[[مارتينوس بيجيرينك]] في مختبره عام 1921]]
اكتشفت الفيروسات صدفه في أثناء اجراء العالم [[أدولف ماير]] سنة 1883، بحوثا على تبرقش أوراق التبغ، فتوصل إلى وجود دقائق أصغر من البكتيريا تسبب المرض. عام 1884، قام [[عالم أحياء دقيقة|عالم الأحياء الدقيقة]] الفرنسي [[شارل شمبرلند]] باختراع مصفاة (تعرف اليوم ب[[مصفاة شمبرلند]] أو مصفاة شمبرلند-باستور) مع مسام أصغر من البكتيريا. وبالتالي، يمكنه تمرير محلول يحتوي على البكتيريا وتصفيته وإزالتها تماما منه.<ref>Shors pp. 76–77</ref> 

تمكن العالم الروسي ديمتري ايفانوفسكي سنة 1892 م من تصفية عصارة أوراق التبغ المصابة باستخدام مرشحات خاصة لا تسمح للبكتيريا بالمرور، ومسح بها اوراق غير مصابة فلاحظ إصابتها. وهو أول من أطلق عليها اسم فايرس (ويعني باللاتينية السم وهي عبارة عن جزيئات بسيطة وصغيرة في الحجم)، أظهرت تجاربه أن أوراق نبات التبغ المصابة بعد سحقها ما زالت معدية بعد الترشيح. اقترح ايفانوفسكي أنه قد يكون سبب العدوى مادة سامة تنتجها البكتيريا لكنه لم يتابع هذه الفكرة<ref name="Collier3"/>. في ذلك الوقت كان يعتقد أنه يمكن الإبقاء على جميع العوامل المعدية فوق المصافي وتنميتها على أوساط غذائية (كان هذا جزء من النظرية الجرثومية للمرض)<ref name="Dimmock">Dimmock p. 4</ref>. في عام 1898، كرر عالم الجراثيم الهولندي [[مارتينوس بيجيرينك]] التجارب وأصبح على قناعة بأن المحلول الناتج عن التصفية يضم شكلا جديدا من العوامل المعدية<ref>Dimmock p.4–5</ref> ولاحظ أن هذا العامل أصاب فقط الخلايا التي في منطقة التبرقش، لكن تجاربه لم تظهر له أنه مكون من جسيمات لدى قام بتسميته ''العامل الجرثومي الدائب'' (contagium vivum fluidum) ثم عاد واستخدم اسم فيروس فيما بعد<ref name="Collier3">Collier p. 3</ref>. بيجيرينك ساند نظرية كون الفيروسات سائلة في الطبيعة وهي نظرية فقدت مصداقيتها في وقت لاحق من قبل [[وندل ستانلي]] الذي أثبت وجود جسيمات<ref name="Collier3"/>. في نفس السنة اكتشف كل من العالمان [[فريدريك لوفلر]] و[[بول فروش]] أول فيروس يصيب الحيوان وهو فيروس الحمى القلاعية<ref>[http://books.google.com/books?id=0f7KpSd7thYC&pg=PA2&lpg=PA2&dq=foot+and+mouth+disease+virus+Friedrich+Loeffler&source=bl&ots=R3KB8z3vg2&sig=aaVQErolqBV_Ai404ooXLurDR-k&hl=fr&ei=8ybtS-ejOYOQONKHjfQH&sa=X&oi=book_result&ct=result&resnum=5&ved=0CC8Q6AEwBA#v=onepage&q=foot%20and%20mouth%20disease%20virus%20Friedrich%20Loeffler&f=false '''جوجل الكتب''' فيروس الحمى القلاعية تأليف بريان.و وماهي.ج]</ref>.

مع مطلع القرن 20 اكتشف عالم الجراثيم الإنجليزي [[فريدريك توارت]] مجموعة من الفيروسات تصيب البكتيريا، تسمى الآن [[عاثية|العاثيات]]<ref>Shors p. 589</ref> وقد وصفها عالم الجراثيم الكندي-الفرنسي [[فيليكس دهيريل]] بأنها الفيروسات التي عند إضافتها إلى البكتيريا على [[أغار]] تنتج مناطق من البكتيريا الميتة واكتشف أن أعلى التخفيفات من هذه الفيروسات (أقل تركيز للفيروس) بدلا من قتل جميع البكتيريا يشكل مناطق منفصلة من الكائنات الميتة. قام فيليكس بحساب عدد هذه المناطق وضربه في معامل التخفيف ما سمح له بحساب عدد الفيروسات في المحلول الأصلي المخفف<ref>{{cite journal|pmid = 17855060|last1 = Publications Service|first1 = F |title = On an invisible microbe antagonistic toward dysenteric bacilli: brief note by Mr. F. D'Herelle, presented by Mr. Roux|journal = Research in Microbiology| doi=10.1016/j.resmic.2007.07.005|volume=158|issue=7|year=2007|pages=553–4}}</ref>. وقد بشر بالعاثيات كعلاج محتمل للأمراض مثل [[حمى تيفية|التيفوئيد]] [[كوليرا|والكوليرا]] لكن هذه البشارة نسيت مع تطوير [[بنسلين|البنسلين]]. دراسة العاثيات أعطت إشارات حول تبديل وإيقاف الجينات واعتبرت آلية مفيدة لإدخال جينات أجنبية إلى البكتيريا.

بحلول نهاية القرن 19، تم تعريف الفيروسات من حيث العدوى وقدرة تصفيتها وكدا حاجتها لمضيف حي. وقد نمت الفيروسات فقط في النباتات والحيوانات. في عام 1906، ابتكر [[روس جرانفيل هاريسون]] طريقة لزراعة [[نسيج حيوي|الأنسجة]] في [[لمف|اللمف]] وفي عام 1913 استخدم ''إ. ستينهاردت'' وزملائه هذه الطريقة لتنمية فيروس [[وقس|الوقس]] في أجزاء من أنسجة قرنية [[خنزير غينيا]]<ref>{{cite journal|last1 = Steinhardt|first1 = E|last2 = Israeli|first2 = C|last3 = Lambert|first3 = R.A.|year = 1913|title = Studies on the cultivation of the virus of vaccinia|journal = J. Inf Dis.|volume = 13|pages = 294–300|doi = 10.1093/infdis/13.2.294|issue = 2}}</ref>. في عام 1928 قام ''هـ. ب. ميتلاند'' و''م. س. ميتلاند'' بتنميت فيروس الوقس في معلق كلى الدجاج المفروم، لم تعتمد طريقتهم على نطاق واسع حتى 1950 حيث كانت تزرع [[الفيروسة السنجابية|الفَيْروسَةِ السِّنْجابِيَّة]] أو ما يعرف بفيروس شلل الأطفال (الفيروس المسبب لشلل الأطفال) على نطاق واسع لإنتاج اللقاحات<ref>Collier p. 4</ref>.

في عام 1931 جاءت انطلاقة أخرى عندما قام عالم الأمراض الأمريكي [[أرنست وليام غودباستير]] بتنميت الأنفلونزا وفيروسات عدة أخرى في بيض الدجاج المخصب<ref>{{cite journal|last1 = Goodpasture|first1 = EW|last2 = Woodruff|first2 = AM|last3 = Buddingh|first3 = GJ|year = 1931|title = The cultivation of vaccine and other viruses in the chorioallantoic membrane of chick embryos|journal = Science|volume = 74|issue = 1919| pages = 371–372|pmid = 17810781|doi=10.1126/science.74.1919.371}}</ref>. عام 1949 قام كل من [[جون إندرز]] و[[توماس ولر]] و[[فردريك روبنز]] بتنميت [[شلل الأطفال|فيروس شلل الأطفال]] في خلايا الجنين البشري، ليكون أول فيروس نمى دون استخدام أنسجة صلبة لحيوانات أو بيض. مكن هذا العمل [[يوناس سولك]] من تقديم لقاح فعال ضد شلل الأطفال<ref>{{cite journal|last1 = Rosen|first1 = FS|year = 2004|title = Isolation of poliovirus—John Enders and the Nobel Prize|journal = New England Journal of Medicine|volume = 351|issue = 15| pages = 1481–83|pmid = 15470207|doi=10.1056/NEJMp048202}}</ref>.

تم الحصول على الصور الأولى للفيروسات بعد اختراع [[مجهر إلكتروني|المجهر الإلكتروني]] في عام 1931 من قبل المهندسين الألمانيين [[إرنست روسكا]] و[[ماكس نول]]<ref>From ''Nobel Lectures, Physics 1981–1990'', (1993) Editor-in-Charge Tore Frängsmyr, Editor Gösta Ekspång, World Scientific Publishing Co., Singapore.

* In 1887, Buist visualised one of the largest, Vaccinia virus, by optical microscopy after staining it. Vaccinia was not known to be a virus at that time. (Buist J.B. ''Vaccinia and Variola: a study of their life history'' Churchill, London)</ref>. في عام 1935 قام عالم الفيروسات والكيمياء الحيوية الأميركي [[وندل ستانلي]] بدراسة [[فيروس تبرقش التبغ]] ووجد أنه يتألف في معظمه من البروتين<ref>{{cite journal|last1 = Stanley|first1 = WM|last2 = Loring|first2 = HS|year = 1936|title = The isolation of crystalline tobacco mosaic virus protein from diseased tomato plants|journal = Science|volume = 83|issue = 2143| page = 85|pmid = 17756690|doi=10.1126/science.83.2143.85}}</ref>، بعد ذلك بوقت قصير، تم فصل هذا الفيروس إلى جزئين (بروتين ورنا)<ref>{{cite journal|last1 = Stanley|first1 = WM|last2 = Lauffer|first2 = MA|year = 1939|title = Disintegration of tobacco mosaic virus in urea solutions|journal = Science|volume = 88|issue = 2311| pages = 345–347|pmid = 17788438|doi=10.1126/science.89.2311.345}}</ref>. كان فيروس تبرقش التبغ أول فيروس تتم [[بلورة|بلورته]] وأمكن بالتالي أن تكون بنيته واضحة بالتفصيل. تم الحصول على أول صور [[حيود الأشعة السينية]] للفيروس المبلور من قبل برنال وفانكيشين عام 1941. على أساس صورها، اكتشفت [[روزاليند فرانكلين]] بنية [[الدنا]] الكامل للفيروس في عام 1955<ref name="pmid18702397">'''Isis''' ''Creager AN, Morgan GJ'' After the double helix: Rosalind Franklin's research on Tobacco mosaic virus volume=99, issue=2, pages=239–72, year=2008, pmid=18702397, doi=10.1086/588626</ref>. في نفس السنة بين [[هاينز فرانكل كونرات]] و[[روبلي كوك وليامز]] أن [[رنا]] فيروس تبرقش التبغ النقي ومعطفه البروتيني يمكن أن يجتمعا بحد ذاتهما لتشكيل فيروسات فعالة، مما يوحي بأن هذه الآلية البسيطة ربما كانت الوسائل التي تم إنشاؤها من قبل الفيروسات داخل الخلايا المضيفة<ref>Dimmock p. 12</ref>.

كان النصف الثاني للقرن العشرين العصر الذهبي لاكتشاف الفيروسات حيث عثر على 2000 نوع وهي معظم الفيروسات المعترف بها لدى الحيوان والنبات والبكتيرية خلال هذه السنوات<ref name="pmid18446425">'''Arch. Virol journal''' ''Norrby E'' Nobel Prizes and the emerging virus concept, volume=153, issue=6, pages=1109–23, year=2008, pmid=18446425, doi=10.1007/s00705-008-0088-8</ref><ref>[http://talk.ictvonline.org/media/p/633.aspx ICTV قائمة فيروسات المكتشفة والمكتشفين]</ref>. عام 1957 تم اكتشاف [[فيروسات شريانية|الفيروس الشرياني الخيلي]] ومسبب [[إسهال فيروسي عند الأبقار|الإسهال الفيروسي عند الأبقار]] ([[حمة طاعونية|الحمة الطاعونية]]). تم اكتشاف [[التهاب الكبد الوبائي ب|فيروس الالتهاب الكبدي الوبائي ب]] من قبل [[باروخ بلومبرغ]] في عام 1963<ref>Collier p. 745</ref>، وصف [[هوارد تيمن]] أول فيروس قهقري عام 1965. 

الانزيم المفتاح للفيروسات القهقرية ([[منتسخة عكسية|المنتسخة العكسية]]) والذي يستخدم لترجمة [[رنا]]ها إلى دنا وصف لأول مرة عام 1970 بشكل مستقل من قبل [[هوارد تيمن]] و[[ديفيد بلتيمور]]<ref name="pmid4348509">'''Adv. Virus Res Journal''' ''Temin HM, Baltimore D'' RNA-directed DNA synthesis and RNA tumor viruses, volume=17, pages=129–86, year=1972, pmid=4348509, doi=10.1016/S0065-3527(08)60749-6</ref>. في عام 1983 عزل فريق [[لوك مونتانييه]] من [[معهد باستير]] في [[فرنسا]] لأول مرة الفيروس القهقري المعروف الآن ب[[فيروس نقص المناعة البشرية]]<ref name="Barre">{{cite journal
|author=Barré-Sinoussi, F. ''et al.''
|title=Isolation of a T-lymphotropic retrovirus from a patient at risk for acquired immune deficiency syndrome (AIDS)|journal=Science
|year=1983
|pages=868–871
|volume=220
|issue=4599
|pmid=6189183
|doi=10.1126/science.6189183}}</ref>.

واكتشف العالمان [[ولتر ريد]] و[[جيمس كارول]] أول فيروس يصيب الإنسان وهو [[فيروس الحمى الصفراء]]<ref>[http://www.arlingtoncemetery.net/jcarroll.htm موقع '''مقبرة أرلينغتون الوطنية''' جيمس كارول]</ref><ref>[http://www.arlingtoncemetery.net/walterre.htm موقع '''مقبرة أرلينغتون الوطنية''' ولتر ريد]</ref>.

تعتبر الفيروسات إحدى أهم المعضلات التي تواجه التصنيف الحيوي فهي لا تمثل كائنات حية لذلك توصف غالبا بالجسيمات المعدية لكنها بالمقابل تبدي بعض خصائص الحياة مثل القدرة على التضاعف والتكاثر بالاستعانة [[خلية|بخلايا]] المضيف التي تم السيطرة عليها. تقوم الفيروسات بالاستعانة بآليات الخلايا الحيوية عن طريق دس [[دنا|الدنا]] أو [[رنا|الرنا]] الفيروسي ضمن المادة الوراثية للخلايا الحية. لكن بالمقابل الفيروسات لا تتحرك ولا تقوم بعمليات [[استقلاب]] أو [[تفكك|تحلل]] من تلقاء نفسها، إنها في منطقة وسطى بين [[الحياة]] واللاحياة (يبقى تعريف [[الحياة]] نفسه غير محدد بدقة، فبعض الجسيمات مثل [[ريكتسيا]] تبدي مظاهر الحياة واللاحياة أيضاً).

== الأصل والمنشأ ==
قد تكون الفيروسات موجودة منذ تطور الخلايا الحية الأولى فهي توجد حيث وجدة الحياة.<ref name="pmid16494962">{{cite journal
|author=Iyer LM, Balaji S, Koonin EV, Aravind L
|title=Evolutionary genomics of nucleo-cytoplasmic large DNA viruses
|journal=Virus Res.
|volume=117
|issue=1
|pages=156–84
|year=2006
|month=April
|pmid=16494962
|doi=10.1016/j.virusres.2006.01.009
|url=http://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0168-1702(06)00028-1
|accessdate=14 September 2008}}</ref> إلا أن أصلها غير واضح لأنها لم تشكل حفريات، لذلك [[علم الأحياء الجزيئي|فالتقنيات الجزيئية]] كانت وسيلة مفيدة للغاية للتحقيق في كيفية نشوئها.<ref>Liu Y, Nickle DC, Shriner D, et al. (2004). "Molecular clock-like evolution of human immunodeficiency virus type 1". ''Virology''. 10;329(1):101–8, PMID 15476878</ref> هذه التقنيات تعتمد على توافر [[دنا|الدنا]] أو [[رنا|الرنا]] الفيروسي القديم، لكن لسوء الحظ فإن معظم الفيروسات التي تم حفظها وتخزينها في المختبرات تعود لأقل من 90 عاما.<ref>Shors p. 16</ref><ref>Collier pp. 18–19</ref> هناك ثلاث فرضيات رئيسية تحاول تفسير نشأة الفيروسات :<ref>Shors pp. 14–16</ref><ref>Collier pp. 11–21</ref>

'''فرضية التقهقر'''

وتنص على أنه ربما كانت الفيروسات خلايا صغيرة [[تطفل|تتطفل]] على الخلايا الأكبر. بمرور الوقت، فقدت الجينات التي لا تحتاج إليها في التطفل. يدعم هذه الفرضية بكتيريا [[ريكتسيا|الريكتسيا]] وال[[داء المتدثرات|كلاميديا]] التي هي خلايا حية يمكنها التكاثر فقط داخل خلية مضيفة مثل الفيروسات. واعتمادها على التطفل من المحتمل أن يكون هو سبب خسارة الجينات التي تمكنها من البقاء على قيد الحياة خارج الخلية. هذا ما يسمى أيضا فرضية الانحطاط.<ref name="Dimmock16">Dimmock p. 16</ref><ref>Collier p. 11</ref>

أي أن الفيروسات نشأت نتيجة تطور رجعي لكائنات دقيقة كانت تعيش معيشة حرة، فأصبحت كائنات متطفلة على الحياة الخلوية وتطورت رجعيا لتفقد أشكالها وتراكيبها الأصليه ثم أصبحت جزيئات متطفلة إجبارياً على كائنات أخرى (فيروسات).

'''فرضية المنشأ الخلوي''' 

و تنص على أن بعض الفيروسات قد تطورت من أجزاء "ناجية" من الدنا أو الرنا لجينات وراثية لكائنات أكبر. الدنا الناجي يمكن أن يأتي من [[عناصر وراثية متحركة|العناصر الوراثية المتحركة]] مثل [[بلازميد|البلازميدات]] أو ال[[ينقول|ينقولات]] <ref>Shors p. 574</ref>، سميت أولا "جينات القفز"، اٍكتشفت في [[ذرة (نبات)|الذرة]] من قبل [[بربرة مكلنتوك]] عام 1950.<ref>{{cite journal
|journal=Proc Natl Acad Sci U S A.
|year=1950
|month=June
|volume=36
|issue=6
|pages=344–55
|title=The origin and behavior of mutable loci in maize
|last=McClintock
|first=B.
|pmid=15430309
|doi=10.1073/pnas.36.6.344}}</ref> وهذا مايسمى أحيانا فرضية التشرد.<ref name="Dimmock16"/><ref>Collier pp. 11–12</ref>

'''فرضية التطور المشترك'''

وتنص على أنه قد تكون الفيروسات تطورت من جزيئات معقدة من البروتين و[[حمض نووي|الأحماض النووية]] في نفس الوقت الذي ظهرت للمرة الأولى الخلايا على سطح الأرض واٍعتمدت على الحياة الخلوية لعدة ملايين من السنين.

[[شبيه فيروس|أشباه الفيروسات]] هي جزيئات الرنا التي لا تصنف على أنها فيروسات لأنها تفتقر لغشاء بروتيني، ومع ذلك، لديها الخصائص التي تشترك فيها العديد من الفيروسات وغالبا ما تسمى عوامل شبه فيروسية.<ref>Dimmock p. 55</ref> 

تعتبر أشباه الفيروسات المسبب الرئيسي للأمراض لدى النباتات،<ref>Shors 551–3</ref> لكنها لا تشفر للبروتينات بل تتفاعل مع الخلايا المضيفة وتستعمل آلية المضيف من أجل تكرارها (تكاثرها).<ref name="pmid18764915">{{cite journal
|author=Tsagris EM, de Alba AE, Gozmanova M, Kalantidis K
|title=Viroids
|journal=Cell. Microbiol.
|year=2008
|month=September
|pmid=18764915
|doi=10.1111/j.1462-5822.2008.01231.x
|url=http://www.blackwell-synergy.com/doi/abs/10.1111/j.1462-5822.2008.01231.x
|accessdate=19 September 2008
|volume=10
|pages=2168
|issue=11}}</ref> [[التهاب الكبد الفيروسي د|فيروس التهاب الكبد د]] البشري له [[جينوم]] [[رنا]] مماثل لأشباه الفيروسات لكن له غشاء بروتيني مشتق من فيروس التهاب الكبد ب، اٍذا فهو فيروس معيب ولا يمكنه التكرار اٍلا بمساعدة فيروس التهاب الكبد ب.<ref>Shors p. 492–3</ref> بالمثل، ال[[فيروس آكل|فيروس الآكل]] 'سبوتنيك' يعتمد على [[فيروس محاكي|الفيروس المحاكي]]، الذي يصيب [[أوالي]] [[شوكميبة كاستيلانية|الشوكميبة الكاستيلانية]].<ref name="pmid18690211">{{cite journal
|author=La Scola B, Desnues C, Pagnier I, Robert C, Barrassi L, Fournous G, Merchat M, Suzan-Monti M, Forterre P, Koonin E, Raoult D
|title=The virophage as a unique parasite of the giant mimivirus
|journal = [[Nature (journal)|Nature]]
|volume=455
|issue=7209
|pages=100–4
|year=2008
|month=September
|pmid=18690211
|doi=10.1038/nature07218
|accessdate=20 January 2009}}</ref> هذه الفيروسات التي تعتمد على وجود أنواع أخرى من الفيروسات في الخلايا المضيفة تسمى [[تابع (بيولوجيا)|توابع]] وربما تمثل مرحلة تطورية وسيطة بين أشباه الفيروسات والفيروسات.<ref>Collier p. 777</ref><ref>Dimmock p. 55–7</ref>

في الماضي كانت هناك مشكلات مع كل هذه الفرضيات: فرضية التقهقر لم تفسر لماذا حتى أصغر الطفيليات الخلوية لا تشبه الفيروسات في أي شكل من الأشكال. فرضية النجاة (فرضية المنشأ الخلوي) لا تفسر القفيصة المعقدة وغيرها من البنى على جزيئات الفيروس. فرضية الفيروس الأولى تتعارض مع تعريف الفيروسات في أنها تتطلب خلايا مضيفة<ref name="Mahy Gen 24">{{cite book |author=Mahy WJ & Van Regenmortel MHV (eds) |title=Desk Encyclopedia of General Virology |publisher=Academic Press |location=Oxford |year=2009 |pages=24 |isbn=0-12-375146-2}}</ref> فمن المتعارف عليه الآن أن الفيروسات لها أصول تسبق تاريخ مختلف أشكال الحياة في [[نظام النطاقات الثلاث|النطاقات الثلاثة]]<ref name="Mahy Gen 28"/> وقد أدى هذا الاكتشاف إلى إعادة علماء الفيروسات المعاصرين النظر في تقييم هذه الفرضيات الكلاسيكية الثلاثة.<ref name="Mahy Gen 28">{{cite book |author=Mahy WJ & Van Regenmortel MHV (eds) |title=Desk Encyclopedia of General Virology |publisher=Academic Press |location=Oxford |year=2009 |pages=28 |isbn=0-12-375146-2}}</ref>

الدليل على عالم سلفي من خلايا الرنا<ref name="Mahy Gen 26">{{cite book |author=Mahy WJ & Van Regenmortel MHV (eds) |title=Desk Encyclopedia of General Virology |publisher=Academic Press |location=Oxford |year=2009 |pages=26 |isbn=0-12-375146-2}}</ref> والتحليل الحاسوبي لتسلسل دنا الفيروس والمضيف أعطت فهم أفضل للعلاقات التطورية بين أنواع مختلفة من الفيروسات ويمكنها أن تساعد بذلك على تحديد أسلاف الفيروسات الحديثة. حتى الآن لم تثبت هذه التحليلات صحة أي من هذه الفرضيات.<ref name="Mahy Gen 26"/> مع ذلك يبدو من غير المحتمل أن جميع الفيروسات المعروفة حاليا لها سلف مشترك فربما تكون نشأت على مراحل في الماضي من قبل آلية معينة أو أكثر.<ref>Dimmock pp. 15–16</ref>

ال[[بريون]]ات هي جزيئات بروتين معدية لا تحتوي على دنا أو رنا<ref name="pmid18587704">{{cite journal
|author=Liberski PP
|title=Prion diseases: a riddle wrapped in a mystery inside an enigma
|journal=Folia Neuropathol
|volume=46
|issue=2
|pages=93–116
|year=2008
|pmid=18587704}}</ref> تسبب عدوى في الأغنام تسمى ال[[قعاص الغنم|راعوش]] و[[جنون البقر|اعتلال الدماغ الاسفنجي البقري]] لدى الأبقار، لدى الإسان تسبب داء [[كورو]] و[[مرض كروتزفيلد جاكوب]] و[[داء غيرستمان-ستراوس]].<ref>Dimmock pp. 57–58</ref> يمكن للبريونات التكرار لأن بعض البروتينات يمكن أن توجد في شكلين مختلفين والبريون يغير الشكل الطبيعي لبروتين المضيف إلى شكل البريون وهذا يطلق سلسلة من ردود الفعل حيث كل بروتين بريون يحول العديد من بروتينات المضيف إلى بريونات جديدة وهذه البريونات الجديدة تعمل على تحويل المزيد من البروتينات إلى بريونات. على الرغم من أنها تختلف اختلافا جوهريا عن الفيروسات وأشباه الفيروسات أعطى اكتشاف البريونات مصداقية لفكرة أن الفيروسات يمكن أن تكون قد تطورت من التكرار الذاتي للجزيئات.<ref name="pmid17512677">{{cite journal
|author=Lupi O, Dadalti P, Cruz E, Goodheart C
|title=Did the first virus self-assemble from self-replicating prion proteins and RNA?
|journal=Med. Hypotheses
|volume=69
|issue=4
|pages=724–30
|year=2007
|pmid=17512677
|doi=10.1016/j.mehy.2007.03.031}}</ref>

== الميكروبيولوجيا وخصائص الفيروسات ==
=== خصائص الحياة (الخصائص البيولوجية) ===
اٍختلفت الآراء حول كون الفيروسات [[حياة|كائنات حية]] أو بنى عضوية تتفاعل معها. فتم وصفها ب ''الكائنات على حافة الحياة''، <ref>Rybicki EP (1990) "The classification of organisms at the edge of life, or problems with virus systematics." ''S Aft J Sci'' 86:182–186</ref> نظرا لأنها تشبه الكائنات الحية باٍمتلاكها جينات وتتطور عن طريق الانتقاء الطبيعي،<ref name="pmid17914905">{{cite journal
|author=Holmes EC
|title=Viral evolution in the genomic age
|journal=PLoS Biol.
|volume=5
|issue=10
|pages=e278
|year=2007
|month=October
|pmid=17914905
|pmc=1994994
|doi=10.1371/journal.pbio.0050278
|url=http://biology.plosjournals.org/perlserv/?request=get-document&doi=10.1371/journal.pbio.0050278
|accessdate=13 September 2008}}</ref> وتتكاثر عن طريق اٍنشاء نسخ متعددة لنفسها بواسطة التجميع الذاتي. على الرغم من أن لها جينات اٍلا أنها لا تملك بنية الخلية، التي غالبا ما ينظر إليها على أنها الوحدة الأساسية للحياة. ليس للفيروسات [[تمثيل غذائي|أيض]] خاص بها، بل تتطلب خلية مضيفة لاٍنتاج مواد جديدة. لذلك لا يمكن استنساخها خارج الخلية المضيفة (أنواع من البكتيريا مثل [[داء المتدثرات|الكلاميديا]] و[[ريكتسيا|الركتسيات]] تعتبر كائنات حية رغم كونهما يشتركان مع الفيروسات في هذه الخاصية). أشكال الحياة المقبولة تستخدم [[انقسام خلوي|الانقسام الخلوي]] للتكاثر، في حين أن الفيروسات تتجمع عفويا داخل الخلايا. تختلف عن النمو الذاتي لل[[تبلور|بلورات]] لأنها ترث طفرات جينية في حين تخضع للاٍنتقاء الطبيعي. التجميع الداتي للفيروس داخل الخلية المضيفة له تأثير على دراسة [[تولد تلقائي|أصل الحياة]]، فهو يضفي مزيدا من المصداقية على الفرضية القائلة بأن الحياة قد بدأت بتجميع ذاتي لجزيئات عضوية.<ref name="pmid16984643">{{cite journal
|author=Koonin EV, Senkevich TG, Dolja VV
|title=The ancient Virus World and evolution of cells
|journal=Biol. Direct
|volume=1
|page=29
|year=2006
|pmid=16984643
|pmc=1594570
|doi=10.1186/1745-6150-1-29
|url=http://www.biology-direct.com/content/1//29
|accessdate=14 September 2008
|pages=29}}</ref>

=== [[زرع (أحياء دقيقة)|زرع]] الفيروسات ===
[[ملف:Plaque assay macro.jpg|تصغير|مزرعة فيروس:تقنية نطاقات التحلل]]
من الضروري زراعة الفيروسات والتي يمكن أن تتكاثر فقط داخل الخلايا الحية من أجل فهم أفضل لتكوينها البيولوجي، تضاعفها ودورة تكاثرها وخاصة من أجل تحضير اللقاحات. تزرع الفيروسات التي تصيب الخلايا حقيقية النواة في مزارع خلوية تم الحصول عليها من أنسجة حيوانية أو نباتية. يتم استزراع الخلايا في إناء من الزجاج أو البلاستيك ثم يتم إصابتها بالفيروس المراد دراسته، يمكن زراعة الفيروسات الحيوانية في البيض الحامل وأحيانا في الحيوانات عندما تكون الزراعة مستحيلة في المختبر. يمكن زراعة الفيروسات البكتيرية في مزارع بكتيريا حساسة لها. يمكن أيضا أن تنمو الفيروسات النباتية على أنسجة نباتية أُحادِيُّة الطَّبَقَة، معلقات خلوية أو على النباتات بأكملها.

يمكن قياس الفيروس كميا بطرق مختلفة، يمكن عدهم مباشرة بفضل المجهر الإلكتروني. في حالة الفيروسات البكتيرية يتم استخدام تقنية اللوحات (النطاقات) لتقدير عدد الفيروسات في المعلق. يتم إضافة معلق مخفف للفيروس غلى معلق بكتيري ثم يتم تقسيم الكل على [[علبة بتري|علب بتري]]. بعد الزرع تظهر نطاقات (مناطق شفافة) على سطح الأغار نتيجة تدمير بكتيريا والبكتيريا المجاورة لها بواسطة [[فريون|الفريون]].

يمكن عزل الفيروسات بطرق مختلفة للكيمياء الحيوية ([[تثفيل|تَنْبيذٌ تَفْريقِيّ]]، الترسيب، التمسيخ، الهضم الأنزيمي).

=== البنية ===
[[ملف:Hexon1.png|تصغير|250 بك|رسم بياني لكيفية بناء قفيصة الفيروس باستخدام نسخ متعددة من اثنين فقط من [[بروتين|الجزيئات البروتينية]]]]
تتألف الفيروسات من مجموعة واسعة من الأشكال والأحجام، تسمى [[علم التشكل (علم أحياء)|المورفولوجيا]]. عموما الفيروسات أصغر بكثير من البكتيريا. معظم الفيروسات التي خضعت للدراسة يتراوح قطرها بين 10 و 300 [[نانومتر]]. بعض [[فيروسات خيطية|الفيروسات الخيطية]] لها طول اٍجمالي يصل إلى 1400 نانومتر; أقطارها حوالي 80 نانومتر.<ref name="Collier3355">Collier pp. 33–55</ref> لا يمكن رؤية الفيروسات [[مجهر|بالمجهر الضوئي]] لذا اٍستخدم [[مجهر إلكتروني|المجهر الإلكتروني]] لرؤيتها.<ref>Collier pp. 33–37</ref> 

لزيادة التباين بين الفيروسات والخلفية، تستخدم كثافة الاٍلكترون. هذه هي حلول أملاح المعادن الثقيلة، مثل [[تنجستن]] الذي يبعثر الاٍلكترونات من المناطق المغطات بالتلوين. تبقى التفاصيل الدقيقة غامضة عندما تغطى الفيروسات بالتلوين (التلوين الاٍيجابي). [[تلوين سلبي|التلوين السلبي]] يتغلب على هذه المشكلة بتلوين الخلفية فقط.<ref name="pmid1715774">{{cite journal
|author=Kiselev NA, Sherman MB, Tsuprun VL
|title=Negative staining of proteins
|journal=Electron Microsc. Rev.
|volume=3
|issue=1
|pages=43–72
|year=1990
|pmid=1715774
|doi=10.1016/0892-0354(90)90013-I}}</ref>

جزيئ الفيروس الكامل يعرف باٍسم فيريون، يتكون من حمض نووي محاط بغلاف واقي بروتيني يسمى القفيصة، هذه الأخيرة مكونة من وحدات بروتينية متماثلة تسمى [[قسيم قفيصي|القسيمات القفيصية]].<ref>Collier p. 40</ref> الفيروسات يمكن أن يكون لها "غلاف" دهني مستمد من غشاء الخلية المضيفة. القفيصة مصنوعة من البروتينات المشفرة بواسطة الجينوم الفيروسي وشكلها يستعمل كأساس للتمييز المورفولوجي بين الفيروسات.<ref name="pmid14019094">{{cite journal
|author=Caspar DL, Klug A
|title=Physical principles in the construction of regular viruses
|journal=Cold Spring Harb. Symp. Quant. Biol.
|volume=27
|pages=1–24
|year=1962
|pmid=14019094}}</ref><ref name="pmid13309339">{{cite journal
|author=Crick FH, Watson JD
|title=Structure of small viruses
|journal=Nature
|volume=177
|issue=4506
|pages=473–5
|year=1956
|pmid=13309339
|doi=10.1038/177473a0}}</ref> الوحدات البروتينية المشفرة فيروسيا تتجمع ذاتيا لتشكيل القفيصة، عموما تتطلب وجود الجينوم الفيروسي. مركب فيروسي يشفر البروتينات التي تساعد في بناء القفيصة. البروتينات المرتبطة بالأحماض النووية تعرف ب[[بروتين نووي|البروتينات النووية]]، والاٍرتباط بين بروتينات القفيصة الفيروسية والحمض النووي الفيروسي تسمى [[قفيصة منواة|القفيصة المنواة]]. يمكن دراسة القفيصة وكافة بنية الفيروس شكليا باٍستعمال [[مجهر الطاقة الذرية]].<ref name="virus-AFM-friction-mechanical-properties">{{Cite journal
|doi=10.1016/S0006-3495(97)78786-1
|volume=72
|issue=3
|pages=1396–1403
|last=Falvo
|first=M.R.
|coauthors=S. Washburn, R. Superfine, M. Finch, F.P. Brooks Jr, V. Chi, R.M. Taylor 2nd
|title=Manipulation of individual viruses: friction and mechanical properties
|journal=Biophysical Journal
|accessdate=8 May 2009
|date=March 1997
|url=http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B94RW-4V9K7FD-1D&_user=108429&_rdoc=1&_fmt=&_orig=search&_sort=d&view=c&_acct=C000059713&_version=1&_urlVersion=0&_userid=108429&md5=d5aafeb39c5a05782d0935dc7ced27ad}}</ref><ref name="virus-AFM-imaging">{{Cite journal
|volume=82
|issue=9
|pages=2025–2034
|last=Kuznetsov
|first=Yu. G.
|coauthors=A. J. Malkin, R. W. Lucas, M. Plomp, A. McPherson
|title=Imaging of viruses by atomic force microscopy
|journal=J Gen Virol
|accessdate=19 April 2009
|date=1 September 2001
|url=http://vir.sgmjournals.org}}</ref> عموما، هناك أربعة أنواع رئيسية لمورفولوجية الفيروس:

[[ملف:TMV Structure.png|تصغير|200 بك|رنا ملفوف في حلزون من تكرار وحدات البروتين.]]
[[ملف:Adenovirus 4.jpg|تصغير|200 بك|صورة مجهرية [[فيروسات غدانية|للفيروسات الغدانية]] العشرونية الوجوه.]]
[[ملف:Varicella (Chickenpox) Virus PHIL 1878 lores.jpg|تصغير|200 بك|[[فيروسات هربسية]] لها غشاء دهني.]]

'''حلزونية''' هذه الفيروسات مكونة من نوع وحيد من [[قسيم قفيصي|القسيمات القفيصية]] المكدسة حول محور مركزي لتشكل بنية حلزونية، قد يكون لها تجويف مركزي، أو بشكل أنبوب مجوف. هذا الترتيب ينتج فيريونات بشكل قضيبي أو خيطي: يمكن أن تكون قصيرة وصلبة أو طويلة ومرنة للغاية. المادة الوراثية، عموما رنا وحيد السلسلة لكن الدنا أحادي السلسلة في بعض الأحيان ينضم للبروتين الحلزوني الشكل بواسطة التفاعلات بين الحمض النووي السلبي والبروتين الموجب. اٍجمالا، طول القفيصة الحلزونية مرتبط بطول الحمض النووي بداخلها وطولها يعتمد على حجم وترتيب [[قسيم قفيصي|القسيمات القفيصية]]. ودراسة [[فيروس تبرقش التبغ]] هو مثال على الفيروسات الحلزونية.<ref>Collier p. 37</ref>

'''عشرونية الوجوه''' معظم فيروسات الحيوانات عشرونية الوجوه أو شبه كروية مع تناظر عشروني الوجوه. [[عشروني الوجوه]] العادي هو السبيل الأمثل لتشكيل هيكل مغلف من الوحدات المتطابقة. الحد الأدنى لعدد [[قسيم قفيصي|القسيمات القفيصية]] المطلوب هو اٍثنا عشر، وكل واحدة مكونة من 5 تحت وحدات متطابقة. العديد من الفيروسات، مثل فيروس الروتا، له أكثر من 12 [[قسيم قفيصي]] ويبدو كرويا. القسيم القفيصي في القمم تحيط به خمسة قسيمات قفيصية أخرى تسمى [[بنتون|بنتونات]]. القسيم القفيصي على وجوهه الثلاثة محاط ب 6 قسيمات قفيصية أخرى تسمى [[هيكسون|هيكسونات]]

'''مغلفة''' بعض الأنواع من الفيروسات تغلف نفسها بأحد [[غشاء خلوي|الأغشية الخلوية]] المعدلة، اٍما الغشاء الخرجي المحيط بالخلية المصابة أو الأغشية الداخلية مثل الغشاء النووي و[[شبكة إندوبلازمية|الشبكة الهيولية]]، هذا ما يكسبها طبقة دهنية ثنائية خارجية تعرف [[غلاف الفيروس|بالغلاف الفيروسي]]. هذا الغشاء مرصع ببروتينات مشفرة بواسطة جينوم الفيروس وجينوم الخلية المضيفة; الغشاء الدهني وكل الكربوهيدرات تنبع من المضيف. فيروس الانفلونزا وفيروس نقص المناعة البشرية يستخدمان هذه الاستراتيجية. معظم الفيروسات المغلفة تعتمد على الغلاف لنقل العدوى.<ref>Collier pp. 42–43</ref>

'''معقدة''' هذه الفيروسات تمتلك قفيصة ليست محض حلزونية ولا محض عشرونية الوجوه، قد تمتلك هياكل إضافية مثل الذيول البروتينية أو جدار خارجي معقد. بعض العواثي مثل [[عاثية الأمعاء T4]] لها بنية معقدة مكونة من رأس عشروني الوجوه وذيل حلزوني، التي قد يكون لها قاعدة لوحة سداسية مع ألياف ذيل بروتينية بارزة. عمل بنية الذيل هته يشبه حقنة جزيئية (الاٍرتباط بالبكتيريا ومن ثم حقن الجينوم الفيروسي داخل الخلية).<ref>{{cite journal |author=Rossmann MG, Mesyanzhinov VV, Arisaka F, Leiman PG |title=The bacteriophage T4 DNA injection machine |journal=Curr. Opin. Struct. Biol. |volume=14 |issue=2 |pages=171–80 |year=2004 |month=April |pmid=15093831 |doi=10.1016/j.sbi.2004.02.001}}</ref>

[[فيروسات جدرية|الفيروسات الجدرية]] كبيرة، معقدة ولها مورفولوجيا غير عادية. الجينوم الفيروسي مرتبط ببروتينات داخل بنية قرص مركزي يعرف [[نوواني|بالنوواني]]. النوواني محاط بغشاء وجسيمين جانبيين مجهولي الوظيفة. الفيروس له غشاء خارجي مرصع بطبقة سميكة من البروتينات على سطحه. الفيريون عموما له شكل معوج قليلا، يتراوح من الشكل البيضوي اٍلى شكل اللبنة.<ref name="pmid4322005">{{cite journal
|author=Long GW, Nobel J, Murphy FA, Herrmann KL, Lourie B
|title=Experience with electron microscopy in the differential diagnosis of smallpox
|journal=Appl Microbiol
|volume=20
|issue=3
|pages=497–504
|year=1970
|month=September
|pmid=4322005
|pmc=376966}}</ref> 

[[فيروس محاكي|الفيروسات المحاكية]] هي أكبر الفيروسات المعروفة، يبلغ قطر [[قفيصة|قفيصتها]] 400 [[نانومتر]]. طول خيوط البروتين 100 [[نانومتر|نم]]، تبدو تحت المجهر الاٍلكتروني سداسية الشكل لذلك فالقفيصة على الأرجح عشرونية الوجوه.<ref name="Suzan-Monti2006">{{cite journal|author=Suzan-Monti M, La Scola B, Raoult D|title=Genomic and evolutionary aspects of Mimivirus|journal=Virus Research|volume=117|issue=1|pages=145–155|year=2006|pmid=16181700|doi=10.1016/j.virusres.2005.07.011}}</ref>

بعض الفيروسات التي تصيب [[عتائق|العتائق]] لها بنى معقدة غير مرتبطة بأي شكل من أشكال الفيروسات، مع طائفة واسعة من الأشكال غير العادية، تتباين من هياكل مغزلية الشكل حتى الفيروسات التي تشبه قضبان التوصيل، [[قطرة|القطرة]] أو القارورة. فيروسات عتائق أخرى تشبه العواثي المذيلة، ويمكن أن يكون لها هياكل متعددة للذيل.<ref name=Prangishvili>{{cite journal |author=Prangishvili D, Forterre P, Garrett RA |title=Viruses of the Archaea: a unifying view |journal=Nat. Rev. Microbiol. |volume=4 |issue=11 |pages=837–48 |year=2006 |pmid=17041631 |doi=10.1038/nrmicro1527}}</ref>

=== الجينوم ===
{|class="wikitable" style="float:left; clear:right; width:250px; margin:5px 0 0 10px;"
|+ التنوع الجيني للفيروسات
! صفة || المعلمات
|-
|الحمض النووي||
* الدنا
* الرنا
* الدنا والرنا معا(في مراحل مختلفة من دورة الحياة)
|-
|الشكل||
* خطي
* حلقي
* مجزأ
|-
|السلسلة||
* أحادي السلسلة
* ثنائي السلسلة
* ثنائي السلسلة مع مناطق أحادية السلسلة
|-
|[[اتجاه (بيولوجيا جزيئية)|الاتجاه]]||
* اتجاه موجب (+)
* اتجاه سالب (−)
* اتجاه حيادي (+/−)
|}

يمكن أن نرى التنوع الكبير للهياكل الجينومية من خلال الأنواع الفيروسية؛ فهي كمجموعة تحتوي على تنوع جينومي هيكلي أكبر من النباتات، الحيوانات، العتائق أو البكتيريا. هناك الملايين من أنواع الفيروسات المختلفة؛<ref name="Breitbart M, Rohwer F 2005 278–84"/> فقط حوالي 5،000 منها وصفت بالتفصيل.<ref name="Dimmock p. 49"/> تحتوي الفيروسات اٍما على دنا أو رنا وتسمى فيروسات الدنا أو فيروسات الرنا على التوالي. حتى الآن معظم الفيروسات هي ذات رنا. الفيروسات النباتية تميل لاٍمتلاك رنا أحادي السلسلة والعواثي تميل لاٍمتلاك دنا ثنائي سلسلة.<ref name="Collier9699">Collier pp. 96–99</ref>

جينومات الفيروسات يمكن أن تكون حلقية كما هو الحال في [[فيروس تورامي|الفيروسات التورامية]]، خطية كما في [[فيروسات غدانية|الفيروسات الغدانية]]. نوع الحمض النووي لا صلة له بشكل الجينوم.

بين فيروسات الرنا، الجينوم في كثير من الأحيان مقسم إلى أجزاء منفصلة داخل الفيريون ويسمى مجزأ، عموما كل جزء يشفر بروتين واحد وعادتا ما تكون (الأجزاء) موجودة في قفيصة واحدة معا. مع ذلك ليس من الضروري تواجد جميع الجزيئات في نفس الفيريون ليكون الفيروس معدي والمثال على ذلك [[فيروس بروم الفسيفسائي]] والعديد من الفيروسات النباتية الأخرى.<ref name="Collier3355"/>

بغض النظر عن نوع الحمض النووي للفيروس، الجينوم يكون دائما إما أحادي أو ثنائي السلسلة. الجينوم أحادي السلسلة يتألف من أحماض نووية مفردة وله شكل يشبه نصف سلم مقسوم إلى نصفين متساويين في حين الجينوم ثنائي السلسلة يتألف من زوجين متكاملين من الأحماض النووية وله شكل السلم. بعض عائلات الفيروسات مثل [[فيروسات كبدية|الفيروسات الكبدية]] لها جينوم ثنائي السلسلة جزئياً وأحادي السلسلة في الباقي.<ref name="Collier9699"/> 

بالنسبة لمعظم الفيروسات مع جينوم الرنا وبعض الفيروسات ذات الجينوم دنا أحادي السلسلة، يقال أن السلسلة الأحادية تكون إما [[اتجاه (بيولوجيا جزيئية)|موجبة أو سالبة الاتجاه]] اعتمادا على كونها مكملة ل[[مرسال الحمض الريبي النووي]] (mRNA) الفيروسي أو لا. الرنا الفيروسي موجب الاتجاه يكون في نفس اتجاه [[مرسال الحمض الريبي النووي]] الفيروسي وبالتالي يمكن فوراً ترجمت جزء منه على الأقل من قبل الخلية المضيفة. الرنا الفيروسي السالب الاتجاه يكمل [[مرسال الحمض الريبي النووي]] الفيروسي وبالتالي يجب تحويله إلى رنا موجب الاتجاه بواسطة [[الرنا المعتمدة على بوليميراز الرنا]] قبل الترجمة. تسمية دنا الفيروسات ذات الجينوم أحادي السلسلة تشبه تسميات الرنا وفيها يكون ''الطرف المشفر'' ل[[مرسال الحمض الريبي النووي]] (mRNA) مكمل له (-) و''الطرف غير المشفر'' نسخة منه (+).<ref name="Collier9699"/> مع ذلك هناك عدة أنواع من الدنا والرنا الفيروسي أحاديي السلسلة تمر بمراحل ثنائية السلسلة أثناء تكرارها والأمثلة على ذلك [[فيروسات توأمية|الفيروسات التوأمية]] (فيروس نباتي أحادي سلسلة الدنا) و[[فيروسة رملية|الفيروسة الرملية]] (فيروس حيواني أحادي سلسلة الرنا).<ref name="isbn0-470-02387-2">{{cite book |author=Saunders, Venetia A.; Carter, John |title=Virology: principles and applications |publisher=John Wiley & Sons |location=Chichester |year=2007 |pages= 72 |isbn=0-470-02387-2}}</ref>

[[ملف:Influenza geneticshift.svg|تصغير|كيفية إحداث [[زيحان مستضدي|الزيحان المستضدي]] أو [[تأشيب جيني|التأشيب الجيني]] لسلالة [[إنفلونزا|أنفلونزا بشرية]] جديدة وعالية الاٍمراض]]

يختلف حجم الجينوم اختلافا كبيرا بين الأنواع فأصغر جينوم فيروسي يشفر لاثنين فقط من البروتينات وحجم الجينوم فقط 2 [[زوج قاعدي#كيلو قاعدة|كيلو قاعدة]] ([[فيروسات حلقية|الفيروسات الحلقية]]) في حين أكبرها حجم جينومه أكثر من 1.2 [[زوج قاعدي#كيلو قاعدة|ميجا قاعدة]] ويشفر لأكثر من 1000 بروتين ([[فيروس محاكي|الفيروس المحاكي]]).<ref name="pmid20690825">{{cite journal |author=Van Etten JL, Lane LC, Dunigan DD |title=DNA viruses: the really big ones (giruses) |journal=Annual Review of Microbiology |volume=64 |pages=83–99 |year=2010 |pmid=20690825 |pmc=2936810 |doi=10.1146/annurev.micro.112408.134338}}</ref> فيروسات الرنا عموما لها جينوم أصغر حجما من فيروسات الدنا بسبب معدل خطأ أعلى عند التكرار وحد أقصى أعلى معلوم للحجم.<ref name="pmid20660197">{{cite journal |author=Sanjuán R, Nebot MR, Chirico N, Mansky LM, Belshaw R |title=Viral mutation rates |journal=Journal of Virology |volume=84 |issue=19 |pages=9733–48 |year=2010 |month=October |pmid=20660197 |doi=10.1128/JVI.00694-10 |pmc=2937809}}</ref> فوق هذا الأخطاء في الجينوم عند التكرار تجعل الفيروس غير مجدي أو غير قادر على المنافسة. لتعوض ذلك تمتلك فيروسات الرنا غالباً جينوم مجزأ (جينوم مقسم إلى جزيئات أصغر) وهذا بالتالي يقلل فرص عجز الجينوم بأكمله عند حدوث خطأ في جزء واحد من الجينوم. في المقابل لدى فيروسات الدنا عموما جينوم أكبر بسبب الدقة العالية لإنزيمات تكرارها.<ref>{{cite journal|doi = 10.1007/BF02257374|last1 = Pressing|first1 = J|last2 = Reanney|first2 = DC|year = 1984|title = Divided genomes and intrinsic noise|journal = J Mol Evol|volume = 20|issue = 2| pages = 135–46|pmid = 6433032}}</ref> الفيروسات ذات الدنا أحادي السلسلة تشكل استثناء لهذه القاعدة فمعدل الطفرات لهذه الجينومات يمكن أن يقارب حالة الرنا أحادي السلسلة.<ref name="pmid19264617">{{cite journal |author=Duffy S, Holmes EC |title=Validation of high rates of nucleotide substitution in geminiviruses: phylogenetic evidence from East African cassava mosaic viruses |journal=The Journal of General Virology |volume=90 |issue=Pt 6 |pages=1539–47 |year=2009 |pmid=19264617 |doi=10.1099/vir.0.009266-0}}</ref>

يخضع التغيير الوراثي للفيروسات لآليات عدة تشمل عملية تسمى [[انحراف وراثي|الانحراف الوراثي]] حيث تتحول القواعد الفردية في الدنا أو الرنا إلى قواعد أخرى. معظم نقاط الطفرات هته هي "صامتة" (لا تغير البروتين الذي يشفر له الجين) ولكن يمكن لأخرى أن تمنح مزايا تطورية مثل مقاومة [[عقار مضاد الفيروسات|للعقاقير المضادة للفيروسات]].<ref name="pmid17927612">{{cite journal
|author=Pan XP, Li LJ, Du WB, Li MW, Cao HC, Sheng JF
|title=Differences of YMDD mutational patterns, precore/core promoter mutations, serum HBV DNA levels in lamivudine-resistant hepatitis B genotypes B and C
|journal=J. Viral Hepat.
|volume=14
|issue=11
|pages=767–74
|year=2007
|pmid=17927612
|doi=10.1111/j.1365-2893.2007.00869.x}}</ref> [[زيحان مستضدي|الزيحان المستضدي]] يحدث عندما يكون هناك تغيير كبير في الخريطة الجينية للفيروس وهذا يمكن ان يكون نتيجة [[تأشيب جيني|للتأشيب الجيني]] أو [[إعادة تشكيل الفيروس]]. عندما يحدث هذا مع فيروسات الانفلونزا، قد تنتج [[جائحة|جوائح]].<ref name="pmid17115950">{{cite journal
|author=Hampson AW, Mackenzie JS
|title=The influenza viruses
|journal=Med. J. Aust.
|volume=185
|issue=10 Suppl
|pages=S39–43
|year=2006
|pmid=17115950}}</ref> فيروسات الرنا موجودة في كثير من الأحيان كشبه-أنواع أو أسراب من الفيروسات من نفس النوع ولكن مع اختلافات قليلة في تسلسل نوكليوزيدات الجينوم. تمثل هذه الشبه-أنواع هدفاًً رئيسيا للانتقاء الطبيعي.<ref name="pmid17578210">{{cite journal
|author=Metzner KJ
|title=Detection and significance of minority quasispecies of drug-resistant HIV-1
|journal=J HIV Ther
|volume=11
|issue=4
|pages=74–81
|year=2006
|pmid=17578210}}</ref>

الجينوم المجزأ يمنح مزايا تطورية إذ يمكن لسلالات مختلفة من الفيروس ذات الجينوم المجزأ خلط ودمج الجينات لإنتاج سلالة فيروسات أو (نسل) لها خصائص فريدة من نوعها. وهذا ما يسمى [[إعادة تشكيل الفيروس|إعادة التشكيل]] أو ''الجنس الفيروسي''.<ref>Goudsmit, Jaap. Viral Sex. Oxford Univ Press, 1998.ISBN 978-0-19-512496-5 ISBN 0-19-512496-0</ref>

[[تأشيب جيني|التأشيب الجيني]] هي العملية التي يتم بفضلها اقتطاع سلسلة من الدنا ومن ثم تضم إلى نهاية جزيء دنا مختلف، وهذا يمكن أن يحدث عندما تصيب الفيروسات الخلايا في وقت واحد ولقد أظهرت دراسة تطور الفيروسات أن [[تأشب|التأشب]] انتشرت في الأنواع التي شملتها الدراسة.<ref name="pmid10573145">{{cite journal
|author=Worobey M, Holmes EC
|title=Evolutionary aspects of recombination in RNA viruses
|journal=J. Gen. Virol.
|volume=80 (Pt 10)
|pages=2535–43
|year=1999
|pmid=10573145}}</ref> والتأشب مشترك في كل من فيروسات الرنا والدنا.<ref name="pmid15578739">{{cite journal
|author=Lukashev AN
|title=Role of recombination in evolution of enteroviruses
|journal=Rev. Med. Virol.
|volume=15
|issue=3
|pages=157–67
|year=2005
|pmid=15578739
|doi=10.1002/rmv.457}}</ref><ref name="pmid10479778">{{cite journal
|author=Umene K
|title=Mechanism and application of genetic recombination in herpesviruses
|journal=Rev. Med. Virol.
|volume=9
|issue=3
|pages=171–82
|year=1999
|pmid=10479778|doi=10.1002/(SICI)1099-1654(199907/09)9:3<171::AID-RMV243>3.0.CO;2-A}}</ref>

=== دورة النسخ ===
لا تتكاثر الفيروسات عن طريق [[انقسام خلوي|الاٍنقسام الخلوي]]، لأنها كائنات لا خلوية. بدلا من ذلك تستخدم التمثيل الغذائي للخلية المضيفة لإنتاج نسخ متعددة، وتقوم بتجميعها داخل الخلية. 

[[دورة حياة الفيروس]] تختلف بشكل كبير بين الأنواع لكن هناك 6 مراحل قاعدية لدورة حياة الفيروسات<ref>Collier pp. 75–91</ref>:
[[ملف:HepC replication-ar.png|350px|تصغير|يسار|دورة نموذجية لتكرار الفيروس]]
* ''الارتباط'' هو تثبت خاص بين [[بروت]]ينات [[قفيصة]] الفيروس ومستقبلات خاصة على سطح الخلايا المضيفة (هذا التخصيص يجعل للفيروس نطاق محدد من [[مضيف (أحياء)|المضيفات]]). مثلاً [[فيروس نقص المناعة البشرية]] يصيب فقط [[خلية تائية|الخلاية التائية]] لأن بروتيناته السطحية [[بروتين سكري 120|gp120]] يمكنها التفاعل مع [[عنقود التمايز 4|CD4]] والمستقبلات الغشائية [[خلية تائية|للخلية التائية]]. لقد تطورت هذه الآلية لتجعل من هذه الفيروسات قادرة على إصابة الخلايا التي يمكنها التكرار داخلها فقط. الارتباط بالمستقبلات يمكن أن يحدث تغيرات في الغلاف البروتيني للفيروس والذي ينتج عنه اندماج الأغشية الخلوية والفيروسية.
* ''الاختراق'' يسمى غالباً [[دخول الفيروس]]. تختلف عدوى الخلايا النباتية عن الخلايا الحيوانية، النباتات لها جدار خلوي صلب من [[سليولوز|السليلوز]] ولا يمكن للفيروسات الولوج داخل الخلايا إلا بعد صدمة لجدار الخلية<ref>Dimmock p. 70</ref>. يمكن للفيروسات مثل فيروس تبرقش التبغ التنقل مباشرة داخل النباتات، من خلية إلى أخرى، من خلال المسام والذي يسمى [[خيوط بلازمية|الخيوط البلازمية]].<ref>{{cite journal|author=Boevink P, Oparka KJ|title=Virus-host interactions during movement processes|journal=Plant Physiol.|volume=138|issue=4|pages=1815–21|year=2005|month=August|pmid=16172094|pmc=1183373|doi=10.1104/pp.105.066761|url=http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pubmed&pubmedid=16172094}}</ref> مثل النباتات لل[[بكتيريا]] جدار صلب يتوجب على الفيروسات اختراقه لإصابة الخلية. طورت بعض الفيروسات آليات لحقن جينومها إلى داخل الخلية البكتيرية في حين تبقى قفيصتها في الخارج.<ref>Dimmock p. 71</ref>
[[ملف:Phage injecting its genome into bacteria-ar.PNG|350px|تصغير|يسار|بعض العواثي تحقن جينومها الخاص في الخلايا البكتيرية.]]
* ''نزع المعطف'' هي العملية التي يتم خلالها تحليل قفيصة الفيروس بواسطة [[إنزيم|إنزيمات]] الفيروس أو إنزيمات الخلية وبالتالي تحرير الحمض النووي الفيروسي.
* ''التنسُّخ'' يشمل تصنيع ال[[رنا الرسول]] الفيروسي للفيروس باستثناء فيروسات الرنا اٍيجابية السلسلة، [[تخليق البروتين الحيوي|تخليق البروتينات]] الفيروسية وتجميعها وتكرار الجينوم الفيروسي.
* ''تجميع جزيئات الفيروس'' يتم تجميع البروتينات الفيروسية المصنعة لتكوين الفيروسات الجديدة التي يتم تحريرها فيما بعد من الخلية المضيفة<ref name="pmid11451488">{{cite journal|author=Barman S, Ali A, Hui EK, Adhikary L, Nayak DP|title=Transport of viral proteins to the apical membranes and interaction of matrix protein with glycoproteins in the assembly of influenza viruses|journal=Virus Res.|volume=77|issue=1|pages=61–9|year=2001|pmid=11451488|doi=10.1016/S0168-1702(01)00266-0}}</ref>.
* ''تحرير الفيروسات'' يتم عن طريق التحلل وهو ألآلية التي تؤدي إلى مقتل الخلية بعد تفجر غشائها. بعض الفيروسات تخضع ل[[دورة المستذيب]] حيث يتم دمج جينوم الفيروس باستخدام [[تأشيب جيني|التأشيب الجيني]] ضمن مكان محدد من كروموزوم الخلية المضيفة. يسمى جينوم الفيروس ب ''طليعة الفيروس'' وفي حال [[عاثية|العاثية]] يسمى [[طليعة العاثية]].<ref>Shors pp. 60, 597</ref> كلما انقسمت الخلية يتضاعف الجينوم الفيروسي معها أيضا، غالباً يكون جينوم الفيروس هاداً داخل المضيف، يمكن لطليعة العاثية أو طليعة الفيروس أن تعطي فيروسات نشطة تقوم بتحليل الخلايا المضيفة.<ref>Dimmock, Chapter 15, ''Mechanisms in virus latentcy'', pp.243–259</ref> الفيروسات المغلفة (مثلاً [[فيروس نقص المناعة البشرية|فيروس HIV]]) يتم تحريرها من الخلية المضيفة عنطريق [[ذرف الفيروس#عن طريق التبرعم|التبرعم]]، خلال هذه العملية يكتسب الفيروس [[غلاف الفيروس|غلافه]] والذي هو جزء من [[غشاء خلوي|الغشاء الخلوي]].<ref>Dimmock 185–187</ref>

'''التأثيرات على الخلية المضيفة'''
للفيروسات مجموعة واسعة النطاق من الآثار البنيوية والبيوكيميائية على الخلية المضيفة<ref>Collier pp. 115–146</ref> يطلق عليها [[تأثير الاعتلال الخلوي]].<ref>Collier p. 115</ref> تؤدي معظم حالات العدوى بالفيروس في النهاية إلى وفاة الخلية المضيفة، تشمل أسباب الوفاة تحلل الخلية، تعديلات على سطح غشاء الخلية [[استماتة|والاستماتة]].<ref name="pmid10547702">{{cite journal
|author=Roulston A, Marcellus RC, Branton PE
|title=Viruses and apoptosis
|journal=Annu. Rev. Microbiol.
|volume=53
|issue=
|pages=577–628
|year=1999
|pmid=10547702
|doi=10.1146/annurev.micro.53.1.577}}</ref> يتسبب كبح البروتينات الخاصة بالفيروس إلى وقف الأنشطة العادية للخلية مما يؤدي غالبا إلى موتها.<ref name="pmid18637511">{{cite journal
|author=Alwine JC
|title=Modulation of host cell stress responses by human cytomegalovirus
|journal=Curr. Top. Microbiol. Immunol.
|volume=325
|pages=263–79
|year=2008
|pmid=18637511
|doi=10.1007/978-3-540-77349-8_15}}</ref>

بعض الفيروسات لا تسبب أي تغييرات طاهرة على الخلية المصابة. الخلايا التي بها فيروس كامن أوغير نشط تظهر علامات قليلة للعدوى وكثيرا ما تعمل بشكل طبيعي،<ref name="pmid18164651">{{cite journal
|author=Sinclair J
|title=Human cytomegalovirus: Latency and reactivation in the myeloid lineage
|journal=J. Clin. Virol.
|volume=41
|issue=3
|pages=180–5
|year=2008
|pmid=18164651
|doi=10.1016/j.jcv.2007.11.014}}</ref> هذا يسبب التهابات مستمرة يكون الفيروس نائماً خلالها لعدة شهور أو سنوات وهذا هو الحال غالبا مع [[حلأ بسيط|فيروسات الهربس]].<ref name="pmid6326635">{{cite journal
|author=Jordan MC, Jordan GW, Stevens JG, Miller G
|title=Latent herpesviruses of humans
|journal=Ann. Intern. Med.
|volume=100
|issue=6
|pages=866–80
|year=1984
|pmid=6326635}}</ref><ref name="pmid12076064">{{cite journal
|author=Sissons JG, Bain M, Wills MR
|title=Latency and reactivation of human cytomegalovirus
|journal=J. Infect.
|volume=44
|issue=2
|pages=73–7
|year=2002
|pmid=12076064
|doi=10.1053/jinf.2001.0948}}</ref> يمكن لبعض الفيروسات مثل [[فيروس إبشتاين-بار]] أن تحفز الخلايا على التكاثر دون التسبب في خباثة،<ref name="pmid18035323">{{cite journal
|author=Barozzi P, Potenza L, Riva G, Vallerini D, Quadrelli C, Bosco R, Forghieri F, Torelli G, Luppi M
|title=B cells and herpesviruses: a model of lymphoproliferation
|journal=Autoimmun Rev
|volume=7
|issue=2
|pages=132–6
|year=2007
|pmid=18035323
|doi=10.1016/j.autrev.2007.02.018}}</ref> في حين وضعت أخرى مثل [[فيروسات الأورام الحليمية]] ضمن أسباب السرطان.<ref name="pmid19020360">{{cite journal
|author=Subramanya D, Grivas PD
|title=HPV and cervical cancer: updates on an established relationship
|journal=Postgrad Med
|volume=120
|issue=4
|pages=7–13
|year=2008
|pmid=19020360
|doi=10.3810/pgm.2008.11.1928}}</ref>

'''نطاق المضيف'''
حتى الآن الفيروسات هي الطفيليات الأكثر وفرة على سطح الأرض ولقد أثبت أنها تصيب جميع أنواع الحياة الخلوية بما في ذلك الحيوانات والنباتات والبكتيريا. مع ذلك، لا يمكن لأنواع مختلفة من فيروسات أن تصيب سوى مجموعة محدودة من المضيفين والعديد من الأنواع محددة-المضيفين مثلاً فيروس الجدري يمكن أن يصيب فقط نوع واحد وهو في هذه الحالة البشر، ويقال أن لديه مجموعة ضيقة من [[مضيف (أحياء)|المضيفين]]. يمكن لفيروسات أخرى مثل فيروس [[داء الكلب]] أن يصيب أنواع مختلفة من الثدييات ويقال ان لديه مجموعة واسعة النطاق من المضيفين.

الفيروسات التي تصيب النباتات غير مؤذية للحيوانات في حين أغلب الفيروسات التي تصيب الحيوانات الأخرى غير مؤذية للبشر. ويقتصر نطاق استضافة بعض [[عاثية|العواثي]] على سلالة واحدة من البكتيريا ويمكن استخدامها لتتبع مصدر تفشي العدوى بواسطة طريقة تسمى [[تنميط عاثوي|تَنْميطٌ عاثَوِيّ]].

== تصنيف الفيروسات ==
{{مقال تفصيلي|تصنيف الفيروسات}}
يسعى التصنيف لوصف تنوع الفيروسات عن طريق تسميتها وتقسيمها اٍلى مجموعات على أساس التشابه. عام [[1962]] [[أندريه لووف]]، [[روبرت هورني]] و[[بول تورنيي]] كانوا أول من وضع وسائل لتصنيف الفيروسات، اٍستنادا على نظام التسلسل الهرمي.<ref name="pmid14467544">{{cite journal
|author=Lwoff A, Horne RW, Tournier P
|title=A virus system
|language=French
|journal=C. R. Hebd. Seances Acad. Sci.
|volume=254
|pages=4225–7
|year=1962
|pmid=14467544}}</ref> هذا النظام يستند في تصنيفه على [[شعبة (تصنيف)|الشعبة]]، [[طائفة (تصنيف)|الطائفة]]، [[رتبة (تصنيف)|الرتبة]]، [[فصيلة (تصنيف)|الفصيلة]]، [[جنس (تصنيف)|الجنس]] و[[نوع (تصنيف)|النوع]]. صنفت الفيروسات وفقا لخصائصها المشتركة (ليس تلك المتعلقة بمضيفيهم) ونوع الحمض النووي المشكل لجينومها.<ref name="pmid13931895">{{cite journal
|author=Lwoff A, Horne R, Tournier P
|title=A system of viruses
|journal=Cold Spring Harb. Symp. Quant. Biol.
|volume=27
|pages=51–5
|year=1962
|pmid=13931895}}</ref> فيما بعد أسست [[اللجنة الدولية لتصنيف الفيروسات]].
=== تصنيف اللجنة الدولية لتصنيف الفيروسات ===
طورت [[اللجنة الدولية لتصنيف الفيروسات]] نظام التصنيف الحالي وكتبت المبادئ التوجيهية التي ركزت على بعض خصائص الفيروسات للحفاظ على وحدة الفصيلة. تم وضع التصنيف الموحد (نظام عالمي لتصنيف الفيروسات) في التقرير السابع للجنة الدولية لتصنيف الفيروسات للمرة الأولى وأعتبرت الأنواع الفيروسية أدنى مرتبة في التصنيف الهرمي الفيروسات.<ref>Fields p. 27
* As defined therein, "a virus species is a polythetic class of viruses that constitute a replicating lineage and occupy a particular ecological niche". A “polythetic" class is one whose members have several properties in common, although they do not necessarily all share a single common defining one. Members of a virus species are defined collectively by a consensus group of properties. Virus species thus differ from the higher viral taxa, which are “universal” classes and as such are defined by properties that are necessary for membership.</ref> ومع ذلك فقط جزء صغير من مجموع الفيروسات تمت دراسته، التحاليل التي أجريت على عينات من البشر وجدت أن حوالي 20 ٪ من متواليات الفيروسات المسترجعة لم ترى من قبل. في حين عينات من البيئة، مثل مياه البحر ورواسب المحيطات، وجدت أن الأغلبية العظمى من المتواليات جديدة تماما.<ref>{{cite journal|author=Delwart EL|title=Viral metagenomics|journal=Rev. Med. Virol.|volume=17|issue=2|pages=115–31|year=2007|pmid=17295196|doi=10.1002/rmv.532}}</ref>

الهيكل العام للتصنيف هو على النحو التالي:

:[[رتبة (تصنيف)|الرتبة]] (-virales)
::[[فصيلة (تصنيف)|الفصيلة]] (-viridae)
:::[[فصيلة (تصنيف)|تحت فصيلة]] (-virinae)
::::[[جنس (تصنيف)|الجنس]] (''-virus'')
:::::[[نوع (تصنيف)|النوع]] (''-virus'')

في تصنيف عام [[2008]] للجنة الدولية لتصنيف الفيروسات وضعت خمس رتب هي [[فيروسات ذنبية|الفيروسات الذنبية]]، الفيروسات الهربسية، [[فيروسات سلبية أحادية|الفيروسات السلبية الأحادية]]، [[فيروسات عشية|الفيروسات العشية]] والفيروسات البيكورناوية. اللجنة الرسمية لم تميز بين [[تحت نوع (تصنيف)|التحت أنواع]]، [[سلالة (بيولوجيا)|السلالات]] و[[عزلة|العزلات]]. في المجموع هناك 5 رتب، 82 فصيلة، 11 تحت فصيلة، 307 جنس، 2،083 نوع وحوالي 3،000 نوع غير مصنفة بعد.<ref>[http://www.ictvonline.org/virusTaxonomy.asp?version=2008 Virus Taxonomy 2008.] International Committee on Taxonomy of Viruses. Retrieved on September 15, 2008.</ref><ref>[http://talk.ictvonline.org/media/p/272.aspx ''ICTV Master Species List 2008'']
* This Excel file contains the official ICTV Master Species list for 2008. This spreadsheet lists all approved virus taxa and supersedes the previous taxonomy published as a part of the ICTV VIIIth Report. Produced by the International Committee on Taxonomy of Viruses. Retrieved on September 15, 2008</ref>

=== تصنيف بلتيمور ===
[[ملف:David Baltimore 2006.jpg|300px|تصغير|يسار|من اليسار: [[شارل العشي]] مدير [[مختبر الدفع النفاث]]، جريج براون رئيس بلدية [[لا كانيادا فلينتريدج، لوس أنجليس، كاليفورنيا|لا كانيادا]]، ديفيد بلتيمور وأوجين تاتيني (عام 2006)]]
{{مقال تفصيلي|تصنيف بلتيمور}}
[[ديفيد بلتيمور]] العالم البيولوجي الحائز على [[جائزة نوبل]] اٍبتكر نظام [[تصنيف بلتيمور]].<ref name="pmid4348509"/><ref name="pmid4377923">{{cite journal
|author=Baltimore D
|title=The strategy of RNA viruses
|journal=Harvey Lect.
|volume=70 Series
|pages=57–74
|year=1974
|pmid=4377923}}</ref> نظام [[اللجنة الدولية لتصنيف الفيروسات|تصنيف اللجنة الدولية لتصنيف الفيروسات]] يستعمل بالموازات مع [[تصنيف بلتيمور]] في تصنيف الفيروسات الحديث.<ref name="pmid15078590">{{cite journal
|author=van Regenmortel MH, Mahy BW
|title=Emerging issues in virus taxonomy
|journal=Emerging Infect. Dis.
|volume=10
|issue=1
|pages=8–13
|year=2004
|pmid=15078590}}</ref><ref name="pmid10486120">{{cite journal
|author=Mayo MA
|title=Developments in plant virus taxonomy since the publication of the 6th ICTV Report. International Committee on Taxonomy of Viruses
|journal=Arch. Virol.
|volume=144
|issue=8
|pages=1659–66
|year=1999
|pmid=10486120|doi=10.1007/s007050050620}}</ref><ref name="pmid15183049">{{cite journal
|author=de Villiers EM, Fauquet C, Broker TR, Bernard HU, zur Hausen H
|title=Classification of papillomaviruses
|journal=Virology
|volume=324
|issue=1
|pages=17–27
|year=2004
|pmid=15183049
|doi=10.1016/j.virol.2004.03.033}}</ref>

يعتمد نظام تصنيف بلتيمور على طريقة صنع [[مرسال الحمض النووي الريبي|الرنا المرسال]]. الفيروسات يجب أن تولد mRNAs من جينومها لاٍنتاج البروتينات وتكرار نفسها، لكن تستخدم آليات مختلفة لتحقيق هذا في كل عائلة من الفيروسات. الجينوم الفيروسي يمكن أن يكون أحادي أو ثنائي سلسلة الدنا أو الرنا، ويمكن أن تستخدم أو لا ال[[منتسخة عكسية|منسخة العكسية]]. بالاٍضافة لذلك، الفيروسات أحادية سلسلة الرنا اٍما أن يكون [[إتجاه (بيولوجيا جزيئية)|إتجاهها]] (+) أو معاكس للإتجاه (-). هذا التصنيف يضع الفيروسات في سبع مجموعات:
* فيروسات ذات الدنا ثنائي السلسلة ([[فيروسات غدانية]]، [[فيروسات هربسية]]، [[فيروسات جدرية]])
* فيروسات ذات الدنا أحادي السلسلة ([[فيروسات صغيرة]])
* فيروسات ذات الرنا ثنائي السلسلة ([[فيروسات جرمية]])
* فيروسات إيجابية ذات الرنا أحادي السلسلة ([[فيروسات بيكورناوية]]، [[فيروسات طخائية]])
* فيروسات سلبية ذات الرنا أحادي السلسلة ([[أورثوميكسوفيريداي]]، [[فيروسات ربدية]])
* فيروسات النسخ العكسي ذات الرنا أحادي السلسلة ([[فيروس قهقري]])
* فيروسات النسخ العكسي ذات الدنا ثنائي السلسلة ([[فيروسات كبدية]])

كمثال على تصنيف الفيروسات، فيروس [[حماق|الحماق]] وال[[فيروس نطاقي حماقي|فيروس النطاقي الحماقي]]، ينتميان لرتبة الفيروسات الهربسية، عائلة ال[[فيروسات هربسية]].

== الفرق بين الفيروسات والبكتيريا والأوليات ==

في الجدول التالي نلاحظ بعض الفروق والاختلافات بين الفيروسات والكائنات [[بدائيات النوى|بدائيات النواة]] مثل [[بكتيريا|البكتيريا]] و[[حقيقيات النوى|الحقيقية النواة]] مثل [[أوالي|الأوالي]].

{| class="wikitable" border="1"
! وجه المقارنة
! الفيروسات
! البكتيريا
! الأوالي
|-
| متوسط الحجم (ميكرومتر)
| 0,001
| 1
| 1000
|- bgcolor="#EFEFEF"
| القدرة على تخليق البروتين باستعمال الريبوزومات و[[رنا نقال|الرنا النقال]] (tRNA)
| لا يوجد
| يوجد
| يوجد
|-
| تعقيدات الكروموسوم (وجود هستون وسنترومير والقدرة على الانقسام)
| لا يوجد
| لا يوجد
| يوجد
|- bgcolor="#EFEFEF"
| وجود الغشاء النووي والعضيات الخلوية المعقدة (مثل : ميتوكندريا - شبكة إندوبلازمية -...)
| لا يوجد
| لا يوجد
| يوجد
|}

== الفرق بين الفيروسات والكائنات الحية الدقيقة غير مميزة النواة (تفصيل) ==

بشكل أكبر يصف الجدول التالي الاختلاف بين الفيروسات وكل من [[بكتيريا|البكتيريا]] [[ريكتسيا|والريكتسيا]] [[كلاميديا|والكلاميديا]] [[ميكوبلازما|والميكوبلازما]]

{| class="wikitable" border="1"
! صفة المقارنة
! فيروسات
! بكتيريا
! ميكوبلازما
! ريكيتسيا
! كلامديا
|-
| قطرها أكبر من 300&nbsp;نانومتر 
| غير متحقق
| متحقق
| متحقق
| متحقق
| متحقق
|- bgcolor="#EFEFEF"
| الانقسام الثنائي
| غير متحقق
| متحقق
| متحقق
| متحقق
| متحقق
|-
| وجود [[الرنا]] و[[الدنا]] معاً
| غير متحقق
| متحقق
| متحقق
| متحقق
| متحقق
|- bgcolor="#EFEFEF"
| وجود ريبوزومات
| غير متحقق
| متحقق
| متحقق
| متحقق
| متحقق
|-
| وجود الأيض 
| غير متحقق
| متحقق
| متحقق
| متحقق
| متحقق
|- bgcolor="#EFEFEF"
| الحساسية للمضادات الحيوية
| غير متحقق
| متحقق
| متحقق
| متحقق
| متحقق
|-
| النمو على وسط غير حي
| غير متحقق
| متحقق
| متحقق
| غير متحقق
| غير متحقق
|- bgcolor="#EFEFEF"
| وجود حامض نووي معدي بمفرده
| متحقق
| غير متحقق
| غير متحقق
| غير متحقق
| غير متحقق
|}

== الفيروسات وأمراض الإنسان ==
{{مقال تفصيلي|قالب:أمراض فيروسية}}
[[ملف:Polio sequelle.jpg|200px|تصغير|يمين|طفلة تعاني من تشوه ساقها اليمنى بسبب شلل الأطفال]]
من بين أشهر الأمراض الفيروسية التي تصيب الإنسان [[زكام|الزكام]]، [[إنفلونزا|الإنفلونزا]]، [[حماق|الحماق]] و[[هربس بسيط|الهربس]]. الكثير من الأمراض الخطيرة مثل [[إيبولا]]، ال[[متلازمة العوز المناعي المكتسب|سيدا]]، [[إنفلونزا الطيور]] و[[التهاب رئوي لانمطي حاد (سارس)|السارس]] تسببها فيروسات. القدرة النسبية للفيروسات في تسبيب المرض موضحة في اللفظ [[فوعة]]. أمراض أخرى يجري التحقيق في ما إذا كان لديها أيضا فيروس مسبب للمرض مثل العلاقة الممكنة بين [[فيروس هربسي بشري 6|الفيروس الهربسي البشري 6]] (HHV6) وأمراض عصبية مثل [[مرض التصلب اللويحي]] و[[متلازمة التعب المزمن]]. هناك جدل حول قدرة [[مرض بورنا|فيروس بورنا]]، الذي كان يعتقد في السابق أنه يسبب الأمراض العصبية لدى الخيول، يمكن أن يكون مسؤول عن الأمراض النفسية عند البشر.<ref name="Chen_1999">{{cite journal
|author=Chen C, Chiu Y, Wei F, Koong F, Liu H, Shaw C, Hwu H, Hsiao K
|title=High seroprevalence of Borna virus infection in schizophrenic patients, family members and mental health workers in Taiwan
|journal=Mol Psychiatry
|volume=4
|issue=1
|pages=33–8
|year=1999
|pmid=10089006
|doi=10.1038/sj.mp.4000484}}</ref>

للفيروسات آليات مختلفة لكي تسبب المرض في كائن ما، ويعتمد ذلك بشكل كبير على نوع الفيروس. على المستوى الخلوي الآليات في المقام الأول تتمثل بتحلل الخلية وموتها. في [[متعددة الخلايا|عديدات الخلايا]] إذا مات ما يكفي من الخلايا فإن الكائن الحي بأكمله سيبدأ بمعانات الآثار. 

يمكن للفيروسات أن توجد داخل الجسم دون أن تكون مؤذية مع أنها في الأصل تسبب اضطرابات [[استتباب|الاستتباب]] الصحي المؤدي إلى الأمراض. على سبيل المثال نأخذ بعين الاعتبار قدرة [[فيروس الحلأ البسيط]] الذي يسبيب [[قرحة الزكام|القرحة الزكامية]] على البقاء [[كمون الفيروس|كامنا]] داخل جسم الإنسان. وهذا يسمى الكمون<ref name="pmid17686862">{{cite journal
|author=Margolis TP, Elfman FL, Leib D, ''et al.''
|title=Spontaneous reactivation of herpes simplex virus type 1 in latently infected murine sensory ganglia
|journal=J. Virol.
|volume=81
|issue=20
|pages=11069–74
|year=2007
|month=October
|pmid=17686862
|pmc=2045564
|doi=10.1128/JVI.00243-07
|url=http://jvi.asm.org/cgi/pmidlookup?view=long&pmid=17686862
|accessdate=13 September 2008}}</ref> وهو ميزة لكل [[فيروس الحلأ البسيط|فيروسات الحلأ]] بما في ذلك [[فيروس إبشتاين-بار]] الذي يسبب الحمى الغدية و[[فيروس نطاقي حماقي|الفيروس النطاقي الحماقي]] الذي يسبب [[حماق|الحماق]]. معظم الناس أصيبوا بعدوى واحدة على الأقل من هذه الأنواع من فيروسات الهربس.<ref>{{cite journal |author=Whitley RJ, Roizman B |title=Herpes simplex virus infections |journal=Lancet |volume=357 |issue=9267 |pages=1513–8 |year=2001 |month=May |pmid=11377626 |doi=10.1016/S0140-6736(00)04638-9}}</ref> ومع ذلك، قد تكون الفيروسات الكامنة مفيدة في بعض الأحيان، لأن وجود هذا الفيروس يمكن أن يزيد من المناعة ضد مسببات الأمراض البكتيرية مثل [[يرسينية طاعونية|اليرسينية الطاعونية]].<ref>{{cite journal |author=Barton ES, White DW, Cathelyn JS, ''et al.'' |title=Herpesvirus latency confers symbiotic protection from bacterial infection |journal=Nature |volume=447 |issue=7142 |pages=326–9 |year=2007 |month=May |pmid=17507983 |doi=10.1038/nature05762}}</ref> من ناحية أخرى [[حماق|الحماق]] الكامن يمكن أن يعود في الحياة الآحقة كمرض يسمى [[هربس نطاقي|القوباء المنطقية]].

يمكن لبعض الفيروسات أن تسبب التهابات مزمنة (مدى الحياة) حيث يستمر تكرارها في الجسم على الرغم من آليات دفاع المضيف.<ref name="pmid17931183">{{cite journal
|author=Bertoletti A, Gehring A
|title=Immune response and tolerance during chronic hepatitis B virus infection
|journal=Hepatol. Res.
|volume=37 Suppl 3
|pages=S331–8
|year=2007
|pmid=17931183
|doi=10.1111/j.1872-034X.2007.00221.x}}</ref> هذا الأمر شائع في [[التهاب الكبد الوبائي ب|التهابات الكبد الوبائي ب]] و[[التهاب الكبد الفيروسي ج|التهابات الكبد الفيروسي ج]]. يعرف الأشخاص المصابين إصابة مزمنة بالناقلين لأنهم يعملون بمثابة خزانات للفيروسات المعدية.<ref name="pmid17664817">{{cite journal
|author=Rodrigues C, Deshmukh M, Jacob T, Nukala R, Menon S, Mehta A
|title=Significance of HBV DNA by PCR over serological markers of HBV in acute and chronic patients
|journal=Indian journal of medical microbiology
|volume=19
|issue=3
|pages=141–4
|year=2001
|pmid=17664817
}}</ref> في مجتمع به نسبة عالية من الناقلين يقال إن المرض [[مرض متوطن|متوطنا]].<ref name="pmid17645465">{{cite journal
|author=Nguyen VT, McLaws ML, Dore GJ
|title=Highly endemic hepatitis B infection in rural Vietnam
|journal=Journal of Gastroenterology and Hepatology
|volume=22
|page=2093
|year=2007
|pmid=17645465
|doi=10.1111/j.1440-1746.2007.05010.x
|issue=12
|pages=2093–100}}</ref>
=== الوبائية ===
[[وبائيات|علم الأوبئة]] الفيروسي هو فرع من العلوم الطبية يتعامل مع الانتقال والسيطرة على العدوى الفيروسية بين البشر. يمكن أن يكون انتقال الفيروسات عمودي وذلك من الأم إلى الطفل أو أفقي من شخص لآخر. من أمثلة [[انتقال عمودي|الانتقال العمودي]] [[التهاب الكبد الوبائي ب]] و[[فيروس نقص المناعة البشرية]] حيث يولد الطفل مصابا بالفيروس فعلياً.<ref name="pmid17825648">{{cite journal
|author=Fowler MG, Lampe MA, Jamieson DJ, Kourtis AP, Rogers MF
|title=Reducing the risk of mother-to-child human immunodeficiency virus transmission: past successes, current progress and challenges, and future directions
|journal=Am. J. Obstet. Gynecol.
|volume=197
|issue=3 Suppl
|pages=S3–9
|year=2007
|pmid=17825648
|doi=10.1016/j.ajog.2007.06.048}}</ref> مثال آخر أكثر ندرة هو [[فيروس نطاقي حماقي|الفيروس النطاقي الحماقي]] الذي وعلى الرغم من تسببه في التهابات خفيفة نسبيا لدى البشر إلا أنه يمكن أن يكون قاتل للجنين والطفل المولود حديثاً.<ref name="pmid11190597">{{cite journal
|author=Sauerbrei A, Wutzler P
|title=The congenital varicella syndrome
|journal=Journal of perinatology : official journal of the California Perinatal Association
|volume=20
|issue=8 Pt 1
|pages=548–54
|year=2000
|pmid=11190597
}}</ref>

[[انتقال أفقي|الانتقال الافقي]] هو الآلية الأكثر شيوعا لانتشار الفيروسات في المجتمعات ويمكن أن تحدث عندما يتم تبادل سوائل الجسم أثناء النشاط الجنسي مثل فيروس نقص المناعة البشرية؛ عن طريق نقل الدم الملوث أو تقاسم الإبر على سبيل المثال التهاب الكبد ج؛ ولادة طفل من أم مصابة مثل التهاب الكبد ب؛ تبادل اللعاب عن طريق الفم مثل فيروس إبشتاين-بار؛ تناول الطعام أو الماء الملوث على سبيل المثال [[نوروفيروس|النوروفيروس]]؛ استنشاق ال[[ضبوب|الرذاذ]] المحمل بالفيريونات مثل فيروس الأنفلونزا؛ الحشرات الناقلة للأمراض مثل البعوض الذي يخترق جلد المضيف على سبيل المثال [[حمى الضنك]]. معدل أو سرعة انتقال العدوى الفيروسية يعتمد على عوامل تشمل [[كثافة سكانية|كثافة السكان]]، عدد الأفراد المعرضين للإصابة (أولائك الذين ليسوا في مأمن)،<ref name="pmid15627236">{{cite journal
|author=Garnett GP
|title=Role of herd immunity in determining the effect of vaccines against sexually transmitted disease
|journal=J. Infect. Dis.
|volume=191 Suppl 1
|pages=S97–106
|year=2005
|pmid=15627236
|doi=10.1086/425271}}</ref> نوعية الرعاية الصحية والطقس.<ref name="pmid16544901">{{cite journal
|author=Platonov AE
|title=(The influence of weather conditions on the epidemiology of vector-borne diseases by the example of West Nile fever in Russia)
|language=Russian
|journal=Vestn. Akad. Med. Nauk SSSR
|issue=2
|pages=25–9
|year=2006
|pmid=16544901
}}</ref>

يستخدم علم الأوبئة لكسر سلسلة العدوى في المجتمعات خلال تفشي الأمراض الفيروسية.<ref>Shors p. 198</ref> تدابير الرقابة التي تستخدم تستند على معرفة كيفية انتقال الفيروس فمن المهم العثور على مصدر أو مصادر العدوى وتحديد الفيروس المسبب. بمجرد التعرف على الفيروس يمكن في بعض الأحيان كسر سلسلة العدوى بواسطة اللقاحات، عندما لا تتوفر لقاحات يمكن للتطهير الصحي أ يكون فعالاً. غالباً يتم عزل المصابين عن بقية المجتمع بالإضافة للذين تعرضوا للفيروس الموضوع بالحجر الصحي.<ref>Shors pp. 199, 209</ref>

تم ذبح الآلاف من الماشية للسيطرة على تفشي مرض [[حمى قلاعية|الحمى القلاعية]] في بريطانيا عام 2001. أكثر العدوات الفيروسية لدى البشر والحيوانات الأخرى تمر بفترات حضانة لا تسبب خلالها أي علامات أو أعراض.<ref>Shors p. 126</ref> فترات حضانة الأمراض الفيروسية تتراوح من بضعة أيام إلى عدة أسابيع وهي معروفة في معظم حالات العدوى،<ref>Shors pp. 193–194</ref> بالرغم من التداخلات إلا أنه بعد فترة الحضانة تأتي فترة العدوى وخلالها يصبح الفرد أو الحيوان مصاب ويمكنه أن يعدي شخص آخر أو حيوان.<ref>Shors pp. 193–94</ref> هاتين الفترتين (الحضانة، الإصابة) معلومتين في الكثير من الإصابات الفيروسية وطولهما مهم في السيطرة على تفشي المرض.<ref>Shors p. 194</ref> عندما تسبب عدوى نسبة عالية من حالات الإصابة وبشكل غير عادي في السكان تسمى المنطقة أو المجتمع [[وباء|بالموبوء]] أما إذا تفشي انتشار العدوى في جميع أنحاء العالم فتدعى [[جائحة|بالجائحة]].<ref>Shors pp. 192–193</ref>

=== الأوبئة والجوائح ===
{{see also|وباء إنفلونزا 1918|متلازمة العوز المناعي المكتسب|إيبولا}}
{{مقال تفصيلي|قائمة الأوبئة}}

[[ملف:Reconstructed Spanish Flu Virus.jpg|thumb|صورة [[مجهر إلكتروني نافذ|بالمجهر الإلكتروني النافذ]] ل فيروس [[وباء إنفلونزا 1918]]]]

دمرت الأمراض المعدية [[أمريكيون أصليون|السكان الأصليين لأمريكا]] وبوجه خاص [[جدري|الجدري]] الذي جلبه المستعمرون الأوروبيون إلى الأمريكتين. يبقى من غير الواضح كم من الهنود هلكوا بسبب الأمراض الخارجية بعد وصول [[كريستوفر كولومبوس|كولومبوس]] إلى الأمريكتين ولكن تم تقدير النسبة لتكون قريبة من 70 ٪ من السكان الأصليين. ساعدت الأضرار التي سببها هذا المرض بشكل كبير في محاولات الأوروبيين لتهجير وقهر السكان الأصليين.<ref>
* {{cite journal
|author=Ranlet P
|title=The British, the Indians, and smallpox: what actually happened at Fort Pitt in 1763?
|journal=Pa Hist
|volume=67
|issue=3
|pages=427–41
|year=2000
|pmid=17216901
|accessdate=16 September 2008}}
* {{cite journal
|author=Van Rijn K
|title="Lo! The poor Indian!" colonial responses to the 1862–63 smallpox epidemic in British Columbia and Vancouver Island
|journal=Can Bull Med Hist
|volume=23
|issue=2
|pages=541–60
|year=2006
|pmid=17214129
|accessdate=16 September 2008}}
* {{cite journal
|author=Patterson KB, Runge T
|title=Smallpox and the Native American
|journal=Am. J. Med. Sci.
|volume=323
|issue=4
|pages=216–22
|year=2002
|pmid=12003378
|doi=10.1097/00000441-200204000-00009}}
* {{cite journal
|author=Sessa R, Palagiano C, Scifoni MG, di Pietro M, Del Piano M
|title=The major epidemic infections: a gift from the Old World to the New?
|journal=Panminerva Med
|volume=41
|issue=1
|pages=78–84
|year=1999
|pmid=10230264}}
* {{cite journal
|author=Bianchine PJ, Russo TA
|title=The role of epidemic infectious diseases in the discovery of America
|journal=Allergy Proc
|volume=13
|issue=5
|pages=225–32
|year=1992
|pmid=1483570
|url=http://openurl.ingenta.com/content/nlm?genre=article&issn=1088-5412&volume=13&issue=5&spage=225&aulast=Bianchine
|accessdate=16 September 2008
|doi=10.2500/108854192778817040}}
* {{cite journal
|author=Hauptman LM
|title=Smallpox and American Indian; Depopulation in Colonial New York
|journal=N Y State J Med
|volume=79
|issue=12
|pages=1945–9
|year=1979
|pmid=390434}}
* {{cite journal
|author=Fortuine R
|title=Smallpox decimates the Tlingit (1787)
|journal=Alaska Med
|volume=30
|issue=3
|page=109
|year=1988
|pmid=3041871
|accessdate=16 September 2008
|pages=109}}</ref>

ال[[جائحة]] هي وباء ينتشر على مستوى العالم بأكمله. جائحة انفلونزا عام 1918 المعروفة باسم الانفلونزا الأسبانية صنفت كجائحة من [[مؤشر شدة الجوائح|الفئة 5]] ونجمت عن فيروس انفلونزا أ قاتل وحاد بشكل غير معتاد. كان الضحايا في الغالب من الشباب الأصحاء على النقيض من معظم تفشيات الانفلونزا السابقة التي أثرت في الغالب على المرضى الأحداث وكبار السن أو ضعاف الصحة.<ref>Collier pp. 409–415</ref>

استمرت جائحة الانفلونزا الأسبانية من 1918 حتى 1919 وتقول أقدم التقديرات انها قتلت 40 إلى 50 مليون شخصاً<ref name="Patterson1">{{cite journal
|author=Patterson KD, Pyle GF|title=The geography and mortality of the 1918 influenza pandemic|journal=Bull Hist Med.|year=1991|volume=65|issue=1|pages=4–21|pmid=2021692}}</ref> في حين بحوث حديثة تشير إلى أنه ربما يكون قد قتل ما يصل إلى 100 مليون شخص أو ما يقدر ب 5 ٪ من سكان العالم في عام 1918.<ref name="pmid11875246">{{cite journal
|author=Johnson NP, Mueller J
|title=Updating the accounts: global mortality of the 1918–1920 "Spanish" influenza pandemic
|journal=Bull Hist Med
|volume=76
|issue=1
|pages=105–15
|year=2002
|pmid=11875246
|doi=10.1353/bhm.2002.0022}}</ref> 

[[ملف:Marburg virus.jpg|thumb|[[فيروس ماربورغ]]]]

معظم الباحثين يعتقدون أن [[فيروس نقص المناعة البشرية]] الذي نشأ في أفريقيا جنوب الصحراء الكبرى خلال القرن 20؛<ref name="Gao">
{{cite journal
|author=Gao F, Bailes E, Robertson DL, et al.
|title=Origin of HIV-1 in the Chimpanzee Pan troglodytes troglodytes
|journal=Nature
|year=1999
|pages=436–441
|volume=397
|issue=6718
|pmid=9989410 
|doi=10.1038/17130}}</ref> يمثل الآن جائحة مع ما يقدر بنحو 38.6 مليون شخص يعيشون مع المرض في جميع أنحاء العالم.<ref>Shors p. 447</ref> قدر [[برنامج الأمم المتحدة المشترك لفيروس نقص المناعة البشرية/الإيدز]] (UNAIDS) و[[منظمة الصحة العالمية]] (WHO) أن الإيدز أودى بحياة أكثر من 25 مليون شخص منذ أن تم التعرف عليه لأول مرة في 5 حزيران 1981 مما يجعلها واحدة من أكثر الأوبئة المدمرة في التاريخ المسجل.<ref name="pmid16517997">{{cite journal
|author=Mawar N, Saha S, Pandit A, Mahajan U
|title=The third phase of HIV pandemic: social consequences of HIV/AIDS stigma & discrimination & future needs
|journal=Indian J. Med. Res.
|volume=122
|issue=6
|pages=471–84
|year=2005
|pmid=16517997
|url=http://www.icmr.nic.in/ijmr/2005/december/1201.pdf
|format=PDF|accessdate=13 September 2008}}</ref> في عام 2007 كان هناك 2،7 مليون إصابة جديدة بفيروس نقص المناعة البشرية و 2 مليون حالة وفاة ذات الصلة به.<ref>{{cite web|url=http://data.unaids.org/pub/GlobalReport/2008/jc1510_2008_global_report_pp29_62_en.pdf|format=PDF|title=Status of the global HIV epidemic|year=2008|publisher=UNAIDS|accessdate=15 September 2008}}</ref>

العديد من مسببات الأمراض الفيروسية شديدة الفتك تنتمي لعائلة [[فيروسات خيطية|الفيروسات الخيطية]] وهي هي فيروسات شبه-خيطية تسبب [[الحمى النزفية الفيروسية]]،<ref>[http://www.ndhan.gov/data/translation/Viral%20hemorrhagic%20fevers%20Arabic%20pdf.pdf '''الحمى النزفية الفيروسية''' ''إدارة الصحة نورث داكوتا'']</ref> وتشمل [[إيبولا|الإيبولا]] و[[فيروس ماربورغ|فيروسات ماربورغ]]. جذبت اهتمام واسع النطاق فيروس ماربورغ الصحافة في أبريل 2005 لتفشي هذا المرض في أنغولا. أثار فيروس ماربورغ اهتمام واسع النطاق في الصحافة العالمية في أبريل 2005 إثر تفشي هذا المرض في [[أنغولا]]. بدأت في أكتوبر 2004 واستمرت حتى عام 2005 وكانت الوباء الأسوأ في العالم للحمى النزفية الفيروسية.<ref name="pmid16775337">{{cite journal
|author=Towner JS, Khristova ML, Sealy TK, ''et al.''
|title=Marburgvirus genomics and association with a large hemorrhagic fever outbreak in Angola
|journal=J. Virol.
|volume=80
|issue=13
|pages=6497–516
|year=2006
|pmid=16775337
|pmc=1488971
|doi=10.1128/JVI.00069-06}}</ref>

=== السرطان ===
{{مقال تفصيلي|فيروس تورامي}}

[[ملف:Kaposi's Sarcoma.jpg|300px|تصغير|يسار|[[سرطان كابوزيس]]]]
الفيروسات هي أحد أسباب نشوء [[سرطان|السرطان]] لدى الإنسان والأنواع أخرى. السرطانات الفيروسية المنشأ لا تحدث إلا في أقلية من الأشخاص (أو الحيوانات) المصابين بالفيروس. الفيروسات السرطانية تأتي من مجموعة من عائلات الفيروسات، تضم كل من فيروسات [[دنا|الدنا]] وفيروسات [[رنا|الرنا]]، ولذا لا يوجد نوع واحد من ''الفيروسات الورمية'' (مصطلح يستعمل في الأصل للتحويلات الحادة [[فيروس قهقري|للفيروسات القهقرية]]). تطور السرطان يتحدد بمجموعة متنوعة من العوامل مثل مناعة المضيف<ref name="pmid19467474">{{cite journal |author=Einstein MH, Schiller JT, Viscidi RP, Strickler HD, Coursaget P, Tan T, Halsey N, Jenkins D |title=Clinician's guide to human papillomavirus immunology: knowns and unknowns |journal=The Lancet Infectious Diseases |volume=9 |issue=6 |pages=347–56 |year=2009 |month=June |pmid=19467474 |doi=10.1016/S1473-3099(09)70108-2 |url= |issn=}}</ref> والطفرات التي تحدث لديه.<ref name="pmid18812503">{{cite journal |author=Shuda M, Feng H, Kwun HJ, Rosen ST, Gjoerup O, Moore PS, Chang Y |title=T antigen mutations are a human tumor-specific signature for Merkel cell polyomavirus |journal=Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America |volume=105 |issue=42 |pages=16272–7 |year=2008 |month=October |pmid=18812503 |pmc=2551627 |doi=10.1073/pnas.0806526105 |url= |issn=}}</ref> تبين أن الفيروسات تسبب السرطانات البشرية وتشمل بعض [[نمط جيني|الأنماط الجينية]] من [[فيروس الورم الحليمي البشري]]، [[التهاب الكبد الفيروسي ب|فيروس التهاب الكبد الفيروسي ب]]، [[التهاب الكبد الفيروسي ج|فيروس التهاب الكبد الفيروسي ج]] [[فيروس إبشتاين-بار]] و[[سرطان كابوزيس-المرتبط بفيروس الهربس]]. وآخر ما اكتشف من الفيروسات المسرطنة لدى البشر هو [[فيروس تورامي|الفيروس التورامي]] ([[فيروس خلية ميركل التورامي]]) الذي يسبب معظم حالات الشكل النادر من سرطان الجلد المسمى [[سرطان خلية ميركل]].<ref name="pmid19395876">{{cite journal |author=Pulitzer MP, Amin BD, Busam KJ |title=Merkel cell carcinoma: review |journal=Advances in Anatomic Pathology |volume=16 |issue=3 |pages=135–44 |year=2009 |month=May |pmid=19395876 |doi=10.1097/PAP.0b013e3181a12f5a}}</ref> فيروسات التهاب الكبد يمكن أن تتطور إلى عدوى فيروسية مزمنة تؤدي إلى [[سرطانة الخلية الكبدية|سرطان الكبد]].<ref>{{cite journal
|author=Koike K
|title=Hepatitis C virus contributes to hepatocarcinogenesis by modulating metabolic and intracellular signalling pathways
|journal=J. Gastroenterol. Hepatol.
|volume=22 Suppl 1
|pages=S108–11
|year=2007
|pmid=17567457
|doi=10.1111/j.1440-1746.2006.04669.x}}</ref><ref>{{cite journal
|author=Hu J, Ludgate L
|title=HIV-HBV and HIV-HCV coinfection and liver cancer development
|journal=Cancer Treat. Res.
|volume=133
|pages=241–52
|year=2007
|pmid=17672044
|doi=10.1007/978-0-387-46816-7_9}}</ref> الإصابة ب[[فيروس تي- الليمفاوي البشري]] تتطور إلى [[خزل سفلي تشنجي مداري|الخزل السفلي التشنجي المداري]] و[[الأبيضاض التائي الخلايا في البالغين]].<ref>{{cite journal
|author=Bellon M, Nicot C
|title=Telomerase: a crucial player in HTLV-I-induced human T-cell leukemia
|journal=Cancer genomics & proteomics
|volume=4
|issue=1
|pages=21–5
|year=2007
|pmid=17726237}}</ref>[[فيروسات الأورام الحليمية]] البشرية هي مسبب نشوء سرطان [[عنق الرحم]]، الجلد، [[شرج|الشرج]] و[[قضيب|القضيب]].<ref>{{cite journal
|author=Schiffman M, Castle PE, Jeronimo J, Rodriguez AC, Wacholder S
|title=Human papillomavirus and cervical cancer
|journal=Lancet
|volume=370
|issue=9590
|pages=890–907
|year=2007
|pmid=17826171
|doi=10.1016/S0140-6736(07)61416-0}}</ref> بما في ذلك [[فيروسات هربسية|الفيروسات الهربسية]]، [[سرطان كابوزيس-المرتبط بفيروس الهربس]] تسبب [[سرطان كابوزيس]] وليمفوما تجويف الجسم، و[[فيروس إبشتاين-بار]] يسبب [[ورم بوركيتس اللمفي]]، [[لمفومة هودجكين]]، [[مرض التكاثر الليمفاوي|مرض التكاثر الليمفاوي البائي]] و[[سرطانة أنفية بلعومية|السرطانة الأنفية البلعومية]].<ref>{{cite journal
|author=Klein E, Kis LL, Klein G
|title=Epstein-Barr virus infection in humans: from harmless to life endangering virus-lymphocyte interactions
|journal=Oncogene
|volume=26
|issue=9
|pages=1297–305
|year=2007
|pmid=17322915
|doi=10.1038/sj.onc.1210240}}</ref> فيروس خلية ميركل التورامي يتصل اتصالا وثيقا ب[[فيروس قردي 40|SV40]] وفيروسات الفئران التورامية قد استخدمت كنماذج حيوانية لفيروسات مرض السرطان لأكثر من 50 عاما.<ref name="pmid18449881">{{cite journal |author=zur Hausen H |title=Novel human polyomaviruses—re-emergence of a well known virus family as possible human carcinogens |journal=International Journal of Cancer. Journal International Du Cancer |volume=123 |issue=2 |pages=247–50 |year=2008 |month=July |pmid=18449881 |doi=10.1002/ijc.23620}}</ref>

=== آليات دفاع المضيف ===
{{مقال تفصيلي|جهاز مناعي}}
خط دفاع الجسم الأول ضد الفيروسات هو نظام [[مناعة طبيعية|المناعة الطبيعية]] ويضم الخلايا وغيرها من الآليات التي تدافع ضد العدوى بطريقة غير محددة. هذا يعني أن خلايا نظام المناعة الطبيعية تتعرف، وتستجيب لمسببات الأمراض بصورة عامة، لكن بعكس [[الجهاز المناعي التكيفي|المناعة المتكيفة]] لا تمنح المناعة الطبيعية وقاية أو مناعة طويلة الأمد للمضيف.<ref name="Alberts">{{cite book|last=Alberts|first=Bruce|coauthors=Alexander Johnson, Julian Lewis, Martin Raff, Keith Roberts, and Peter Walters|title=Molecular Biology of the Cell; Fourth Edition|publisher=Garland Science|year=2002|location=New York and London|url=http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?call=bv.View..ShowTOC&rid=mboc4.TOC&depth=2|isbn=0-8153-3218-1|accessdate=15 September 2008}}</ref>

[[تداخل الرنا]] هو أحد أهم وسائل الدفاع الفطري ضد الفيروسات.<ref name="pmid17693253">{{cite journal
|author=Ding SW, Voinnet O
|title=Antiviral immunity directed by small RNAs
|journal=Cell
|volume=130
|issue=3
|pages=413–26
|year=2007
|pmid=17693253
|doi=10.1016/j.cell.2007.07.039
|pmc=2703654}}</ref> العديد من الفيروسات لديها استراتيجية نسخ تنظوي على [[حمض ريبي نووي|الحمض الريبي النووي المتماثل]] (dsRNA). عندما يصيب مثل هذا الفيروس خلية فإنه يقوم بتحرير جزيئ أو جزيئات [[رنا|الرنا]] الخاصة به والتي ترتبط مباشرة بمعقد بروتيني يسمى [[دايسر|الدايسر]] والذي يعمل على تقطيع الرنا إلى أجزاء أصغر. يتم تنشيط ممر بيوكيميائي يدعى معقد RISC والذي يحلل [[مرسال الحمض الريبي النووي|مرسال الرنا الفيروسي]] وبذلك تنجو الخلية من العدوى. [[فيروس عجلي|الفيروسات العجلية]] تتفادى هذه الآلية بواسطة خلع المحفظة المغلفة للمادة الوراثية للفيروس جزئياً داخل الخلية وتحرير مرسال الرنا المنتج حديثاً من خلال مسام الجسيمات الداخلية للقفيصة. يظل الرنا المزدوج الجينومي محمي داخل جسم الفيريون.<ref name="pmid15579070">{{cite journal
|author=Patton JT, Vasquez-Del Carpio R, Spencer E
|title=Replication and transcription of the rotavirus genome
|journal=Curr. Pharm. Des.
|volume=10
|issue=30
|pages=3769–77
|year=2004
|pmid=15579070|doi=10.2174/1381612043382620}}</ref><ref name="pmid15010218">{{cite journal
|author=Jayaram H, Estes MK, Prasad BV
|title=Emerging themes in rotavirus cell entry, genome organization, transcription and replication
|journal=Virus Res.
|volume=101
|issue=1
|pages=67–81
|year=2004
|pmid=15010218
|doi=10.1016/j.virusres.2003.12.007}}</ref>

عندما يواجه [[الجهاز المناعي التكيفي]] للفقاريات فيروساً ينتج [[جسم مضاد|أجسام مضادة]] خاصة والتي ترتبط بهذا الفيروس وتجعله غير معدي وتسمى هذه المناعة [[مناعة خلطية|بالمناعة الخلطية]]. هناك نوعين مهمين من الأجسام المضادة:

- الأولى : تدعى الغلوبيلينات المناعية IgM وهي فعالة بصفة كبيرة في تحييد الفيروسات لكنها تنتج من قبل خلايا الجهاز المناعي فقط لبضعة أسابيع.

- الثانية : تدعى الغلوبيلينات المناعية IgG ويتم إنتاجها بشكل غير محدود.

يستخدم تواجد الغلوبولين المناعي IgM في دم المصاب كدليل على العدوى الحادة، في حين IgG يشير إلى وجود عدوى في الماضي.<ref name="pmid8903801">{{cite journal
|author=Greer S, Alexander GJ
|title=Viral serology and detection
|journal=Baillieres Clin. Gastroenterol.
|volume=9
|issue=4
|pages=689–721
|year=1995
|pmid=8903801
|doi=10.1016/0950-3528(95)90057-8}}</ref> يتم قياس الأجسام المضادة IgG عندما تتم اختبارات الحصانة.<ref name="pmid9086126">{{cite journal
|author=Matter L, Kogelschatz K, Germann D
|title=Serum levels of rubella virus antibodies indicating immunity: response to vaccination of subjects with low or undetectable antibody concentrations
|journal=J. Infect. Dis.
|volume=175
|issue=4
|pages=749–55
|year=1997
|pmid=9086126
|doi=10.1086/513967}}</ref>

[[ملف:Rotavirus with antibody.jpg|thumb|[[فيروس عجلي|فيروسي روتا]] الذي إلى اليمين مرتبط بالأضداد الشيئ الذي يمنعه من الارتباط بالخلايا وإصابتها]]

يسمى الدفاع الثاني للفقاريات ضد الفيروسات [[مناعة خلوية|بالمناعة الخلوية]] وينطوي على الخلايا المناعية المعروفة باسم [[خلية تائية|الخلايا التائية]]. تعرض خلايا الجسم باستمرار أجزاء قصيرة من البروتينات على سطحها الخلوي وإذا تعرفت الخلية التائية على جزء فيروسي مشبوه هناك يتم تدمير الخلية المضيفة عن طريق الخلايا التائية القاتلة ثم تتكاثر الخلايا التائية الخاصة بالفيروس. بعض الخلايا مثل [[بلعم|البلاعم]] مختصة في [[تجلية المستضد]].<ref name="pmid17725500">{{cite journal
|author=Cascalho M, Platt JL
|title=Novel functions of B cells
|journal=Crit. Rev. Immunol.
|volume=27
|issue=2
|pages=141–51
|year=2007
|pmid=17725500}}</ref>

إنتاج [[انترفيرون|الانترفيرون]] هو أحد أهم آليات دفاع المضيف وهو هرمون يفرزه الجسم عندما يتعرض للفيروسات، دوره في المناعة معقد. يوقف تكاثر الفيروسات عن طريق قتل الخلايا المصابة والخلايا المجاورة لها.<ref name="pmid11256746">{{cite journal
|author=Le Page C, Génin P, Baines MG, Hiscott J
|title=Interferon activation and innate immunity
|journal=Rev Immunogenet
|volume=2
|issue=3
|pages=374–86
|year=2000
|pmid=11256746}}</ref>

لا تنتج كل عدوى فيروسية رد فعل مناعي بهذا الشكل ف[[فيروس نقص المناعة البشرية]] مثلاً يتجنب جهاز المناعة من خلال تغيير تسلسل الأحماض الأمينية للبروتينات الغشائية للفيريون باستمرار. هذه الفيروسات تتهرب باستمرار من الرقابة المناعية عن طريق العزل، حصار [[تجلية المستضد]]، مقاومة [[سيتوكين|السيتوكين]]، التهرب من [[خلية فاتكة طبيعية|الخلاية الفاتكة الطبيعية]]، الهروب من [[استماتة|الاستماتة]] والتحول المستضدي.<ref name="pmid15297608">{{cite journal
|author=Hilleman MR
|title=Strategies and mechanisms for host and pathogen survival in acute and persistent viral infections
|journal=Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.
|volume=101 Suppl 2
|pages=14560–6
|year=2004
|pmid=15297608
|pmc=521982
|doi=10.1073/pnas.0404758101}}</ref> فيروسات أخرى تسمى [[فيروس موجه للعصب|الفيروسات الموجهة للعصب]] تنتشر عبر الامتدادات العصبية حيث يكون الجهاز المناعي غير قادر على الوصول إليها.

=== الوقاية والعلاج ===
بما أن الفيروسات تستخدم المسارات الأيضية الحيوية داخل الخلايا المضيفة من أجل تكرارها فالقضاء عليها يكون صعب من دون استخدام عقاقير تتسبب في آثار سامة للخلايا المضيفة بصفة عامة. النهج الطبي الأكثر فعالية ضد الأمراض الفيروسية هو [[تطعيم (طب)|التلقيح]] من أجل توفير الحصانة و[[عقار مضاد الفيروسات|مضادات الفيروسات]] التي تتدخل بشكل انتقائي مع تكاثر الفيروس.
==== اللقاحات ====
{{مقال تفصيلي|تطعيم (طب)}}
[[ملف:Smallpox vaccine.jpg|200px|تصغير|يسار|مكونات عدة التطعيم ضد [[جدري|الجدري]] وتشمل سائل التخفيف وإبرة ذات شعبتين.]]
التطعيم هو وسيلة رخيصة وفعالة للوقاية من عدوى الفيروسات. لقد تم استخدام القاحات لمنع العدوى الفيروسية قبل وقت طويل من اكتشاف الفيروسات الفعلية، أدى استخدامها إلى انخفاض كبير في معدلات الاعتلال (المرض) والوفيات المرتبطة بالعدوى الفيروسية مثل [[شلل الأطفال]]<ref>[http://www.who.int/immunization/documents/Polio_PP_slides_AR.pdf '''منظمة الصحة العالمية''' ''لقاحات شلل الأطفال والتمنيع ضد شلل الأطفال في حقبة ما قبل استئصال هذا المرض: ورقة موقف منظمة الصحة العالمية'' نشرت في 4 حزيران/ يونيو 2010 في السجل الوبائي الأسبوعي]</ref> [[حصبة|والحصبة]] [[نكاف|والنكاف]] و[[حصبة ألمانية|الحصبة الألمانية]].<ref name="pmid17068034">{{cite journal
|author=Asaria P, MacMahon E
|title=Measles in the United Kingdom: can we eradicate it by 2010?
|journal=BMJ
|volume=333
|issue=7574
|pages=890–5
|year=2006
|pmid=17068034
|doi=10.1136/bmj.38989.445845.7C
|pmc=1626346}}</ref> لقد تم استئصال [[جدري|الجدري]].<ref name="pmid16989262">{{cite journal
|author=Lane JM
|title=Mass vaccination and surveillance/containment in the eradication of smallpox
|journal=Curr. Top. Microbiol. Immunol.
|volume=304
|pages=17–29
|year=2006
|pmid=16989262
|doi=10.1007/3-540-36583-4_2}}</ref> القاحات متوافرة لمنع العدوى الفيروسية للبشر أكثر من ثلاثة عشر<ref name="pmid16364754">{{cite journal
|author=Arvin AM, Greenberg HB
|title=New viral vaccines
|journal=Virology
|volume=344
|issue=1
|pages=240–9
|year=2006
|pmid=16364754
|doi=10.1016/j.virol.2005.09.057}}</ref> وتستخدم بشكل أوسع لمنع العدوى الفيروسية لدى الحيوانات.<ref name="pmid17892169">{{cite journal
|author=Pastoret PP, Schudel AA, Lombard M
|title=Conclusions—future trends in veterinary vaccinology
|journal=Rev. – Off. Int. Epizoot.
|volume=26
|issue=2
|pages=489–94, 495–501, 503–9
|year=2007
|pmid=17892169}}</ref> 

يمكن للقاحات أن تتكون من فيروسات حية موهنة، ميتة أو بروتينات فيروسية (مستضدات).<ref name="pmid16494719">{{cite journal
|author=[[Peter Palese|Palese P]]
|title=Making better influenza virus vaccines?
|journal=Emerging Infect. Dis.
|volume=12
|issue=1
|pages=61–5
|year=2006
|pmid=16494719}}</ref> اللقاحات التي تحتوي على نماذج حية ضعيفة من الفيروس لا تسبب المرض لكنها مع ذلك تمنح الحصانة وتسمى هذه الفيروسات بالفيروسات الموهنة. يمكن أن تكون اللقاحات الحية خطرة عندما تعطى لأشخاص يعانون من ضعف جهازهم المناعي، لأن الفيروس الموهن قد يسبب المرض الأصلي.<ref name="pmid1090805">{{cite journal
|author=Thomssen R
|title=Live attenuated versus killed virus vaccines
|journal=Monographs in allergy
|volume=9
|pages=155–76
|year=1975
|pmid=1090805}}</ref> 

تستخدم تقنيات الهندسة الوراثية والتكنولوجيا الحيوية لإنتاج لقاحات الوحيدات، هذه اللقاحات تستخدم فقط بروتينات قفيصة الفيروس. لقاح التهاب الكبد الوبائي (ب) هو مثال على هذا النوع من اللقاح.<ref name="pmid3018891">{{cite journal
|author=McLean AA
|title=Development of vaccines against hepatitis A and hepatitis B
|journal=Rev. Infect. Dis.
|volume=8
|issue=4
|pages=591–8
|year=1986
|pmid=3018891}}</ref> لقاحات الوحيدات آمنة للأشخاص الذين يعانون من ضعف جهازهم المناعي وذلك لأنها غير قادرة على التسبب بالمرض.<ref name="pmid16221073">{{cite journal
|author=Casswall TH, Fischler B
|title=Vaccination of the immunocompromised child
|journal=Expert review of vaccines
|volume=4
|issue=5
|pages=725–38
|year=2005
|pmid=16221073
|doi=10.1586/14760584.4.5.725}}</ref> لقاح فيروس الحمى الصفراء هو سلالة حية موهنة تدعى 17D ربما يكون القاح الأكثر أمانا والأكثر فعالية الذي تم توليده على الإطلاق.<ref name="pmid18564013">{{cite journal
|author=Barnett ED, Wilder-Smith A, Wilson ME
|title=Yellow fever vaccines and international travelers
|journal=Expert Rev Vaccines
|volume=7
|issue=5
|pages=579–87
|year=2008
|pmid=18564013
|doi=10.1586/14760584.7.5.579}}</ref>

==== العقارات المضادة للفيروسات ====
{{مقال تفصيلي|عقار مضاد الفيروسات}}

[[ملف:Guanosin.svg|تصغير|90 بك|[[غوانوزين]]]]
[[ملف:Aciclovir.svg|تصغير|90 بك|مضاهئ غوانوزين [[أسيكلوفير]]]]
على مدى السنوات العشرين الماضية، شهد تطور [[عقار مضاد الفيروسات|العقاقير المضادة للفيروسات]] زيادة سريعة. وكان الدافع وراء هذا انتشار وباء الإيدز. العقاقير المضادة للفيروسات في كثير من الأحيان هي [[مضاهئ نوكليوزيد|مضاهئات نوكليوزيد]] (لبنات دنا زائفة) والتي تدمجها الفيروسات في جينومها خلال تكرارها، دورة حياة الفيروس تتوقف بسبب عدم نشاط الدنا الذي تم تصنيعه حديثا وذلك لأن هذه المضاهئات تفتقر لمجموعات [[هيدروكسيد|الهيدروكسيد]] والتي ترتبط جنبا إلى جنب مع ذرات [[فوسفور|الفوسفور]] لتشكيل قوة جزيء [[دنا|الدنا]]. وهذا يسمى [[إنهاء سلسلة]] الدنا.<ref name="pmid15592828">{{cite journal
|author=Magden J, Kääriäinen L, Ahola T
|title=Inhibitors of virus replication: recent developments and prospects
|journal=Appl. Microbiol. Biotechnol.
|volume=66
|issue=6
|pages=612–21
|year=2005
|pmid=15592828
|doi=10.1007/s00253-004-1783-3}}</ref> 

ال[[آسيكلوفير]] هو مثال على نظائر النيكليوزيد فعال ضد عدوى [[فيروس الحلأ البسيط]] وعدوى فيروس [[التهاب الكبد الوبائى ب]] وهو من أقدم وأكثر مضادات الفيروسات وصفا.<ref name="pmid6355051">{{cite journal
|author=Mindel A, Sutherland S
|title=Genital herpes&nbsp;— the disease and its treatment including intravenous acyclovir
|journal=J. Antimicrob. Chemother.
|volume=12 Suppl B
|pages=51–9
|year=1983
|pmid=6355051}}</ref> الأدوية الأخرى المضادة للفيروسات تستهدف في استخدامها مراحل مختلفة من دورة الحياة الفيروسية. فيروس نقص المناعة البشرية يعتمد على إنزيم حال للبروتين يسمى [[بروتياز فيروس نقص المناعة البشرية-1]] لكي يصبح معديا جيد، هناك فئة واسعة من الأدوية تسمى [[مثبط بروتياز|مثبطة بروتياز]] تعمل على تعطيل هذا الانزيم.

[[التهاب الكبد الفيروسي ج]] يسببه فيروس رنا. 80% من حالات الإصابة هي إصابات مزمنة، وفي حال عدم تلقي العلاج فأنهم سيبقون مصابين للفترة المتبقية من حياتهم. مع ذلك، هناك الآن علاج فعال يستخدم عقارات نظير نيكليوزيد [[ريبافيرين]] مجتمعة مع [[إنترفيرون|الإنترفيرون]].<ref name="pmid17927615">{{cite journal
|author=Witthöft T, Möller B, Wiedmann KH, ''et al.''
|title=Safety, tolerability and efficacy of peginterferon alpha-2a and ribavirin in chronic hepatitis C in clinical practice: The German Open Safety Trial
|journal=J. Viral Hepat.
|volume=14
|issue=11
|pages=788–96
|year=2007
|month=November
|pmid=17927615
|pmc=2156112
|doi=10.1111/j.1365-2893.2007.00871.x
|accessdate=14 September 2008}}</ref> تم تطوير علاج للحالات المزمنة لفيروس ال[[التهاب الكبد الوبائى ب]] باستخدام استراتجية مماثلة مستعملين {{إنج|lamivudine}} [[لاميفيدين]].<ref name="pmid17919229">{{cite journal
|author=Rudin D, Shah SM, Kiss A, Wetz RV, Sottile VM
|title=Interferon and lamivudine vs. interferon for hepatitis B e antigen-positive hepatitis B treatment: meta-analysis of randomized controlled trials
|journal=Liver Int.
|volume=27
|issue=9
|pages=1185–93
|year=2007
|month=November
|pmid=17919229
|pmc=2156150
|doi=10.1111/j.1478-3231.2007.01580.x
|accessdate=27 September 2008
|doi_brokendate=13 July 2009}}</ref>

== العدوى في أنواع أخرى ==
=== النباتات ===
[[ملف:Pepper mild mottle virus.png|تصغير|250 بك|إصابة [[فليفلة|الفليفلة]] بفيروس البرقشة الخفيفة]]
هناك العديد من الأنواع من [[فيروس نبات|فيروسات النباتات]]، لكن غالبا تسبب فقط خسارة عائد الإنتاج الزراعي، وليس من الجدي اقتصاديا محاولة السيطرة عليها.<ref>[http://osp.mans.edu.eg/wakil/env/agriculture/20_Viruses.pdf '''أهم الأمراض الفيروسية الشائعة على الباتات''' ''د.محمد عبد الرحمان الوكيل'' أستاذ أمراض النبات بكلية الزراعة '''جامعة المنصورة''']</ref> تنتقل فيروسات النباتات غالبا من نبات لآخر عن طريق كائنات حية، المعروفة باسم [[ناقل (وبائيات)|النواقل]]. عادة ما تكون حشرات، لكن بعض [[فطر|الفطور]]، [[ديدان اسطوانية|الديدان الأسطوانية]] و[[أوالي|الأوالي]] تبين أنها نواقل. عندما تكون السيطرة على العدوى الفيروسية النباتية مجدية اقتصاديا، لدى الفاكهة المعمرة على سبيل المثال، تتركز الجهود على قتل الناقل وإزالة المضيف البديل مثل الأعشاب الضارة.<ref>Shors p. 584</ref> فيروسات النباتات غير ضارة للبشر، الحيوانات وغيرها لأنها يمكن أن تتكاثر فقط في الخلايا النباتية.<ref>Shors pp. 562–587</ref>

طورة النباتات آليات دفاع ضد الفيروسات. واحد من أكثر الطرق فعالية هو وجود ما يسمى مقاومة (R) الجينات. كل جين R يعطي مناعة لفيروس معين عن طريق إثارة مجموعة من الخلايا الميتة حول الخلية المصابة، والتي يمكن مشاهدتها بالعين المجردة كبقع كبيرة. هذا يوقف انتشار العدوى.<ref>Dinesh-Kumar SP, Wai-Hong Tham, Baker BJ (2000). "Structure—function analysis of the tobacco mosaic virus resistance gene N". ''PNAS'' 97, 14789-94 PMID 11121079</ref> [[تداخل الرنا]] هو أحد آليات دفاع النباتات.<ref>Shors pp. 573–576</ref> عندما تكون مصابة، غالبا ما تنتج النباتات مطهرات قاتلة للفيروسات، مثل [[حمض ساليسيليك]]، [[أحادي أكسيد النيتروجين]] و[[أنواع الأكسجين التفاعلية]].<ref>Soosaar JL, Burch-Smith TM, Dinesh-Kumar SP (2005). "Mechanisms of plant resistance to viruses". ''Nat. Rev. Microbiol.'' 3, pp. 789–98 PMID 16132037</ref>

=== البكتيريا ===
[[ملف:Phage.jpg|تصغير|انتقال إلكترون، صورة مجهرية للعديد من العواثي مرتبطة بجدار الخلية البكتيرية]]
[[عاثية|العواثي]] هي مجموعة مشتركة ومتنوعة من الفيروسات، هي الأكثر وفرة من بين الكيانات البيولوجية في البيئات المائية. هناك ما يفوق بأكثر من عشر مرات من هذه الفيروسات في المحيطات من البكتيريا.<ref>{{cite journal|author=Wommack KE, Colwell RR|title=Virioplankton: viruses in aquatic ecosystems|journal=Microbiol. Mol. Biol. Rev.|volume=64|issue=1|pages=69–114|year=2000|month=March|pmid=10704475|pmc=98987|url=http://mmbr.asm.org/cgi/pmidlookup?view=long&pmid=10704475|doi=10.1128/MMBR.64.1.69-114.2000}}</ref> تصل لمستوى 250.000.000 عاثية في [[لتر|مليلتر]] واحد من ماء البحر.<ref>{{cite journal|author=Bergh O, Børsheim KY, Bratbak G, Heldal M|title=High abundance of viruses found in aquatic environments|journal=Nature|volume=340|issue=6233|pages=467–8|year=1989|month=August|pmid=2755508|doi=10.1038/340467a0}}</ref> تصيب هذه الفيروسات بكتيريا خاصة وذلك بالارتباط [[مستقبل (كيمياء حيوية)|بالمستقبلات الغشائية]] ومن ثم الدخول إلى الخلية. في غضون فترة زمنية قصيرة، في بعض الحالات دقائق فقط، [[بوليميراز]] البكتيري يبدأ بترجمة الرنا الفيروسي إلى بروتين. هذه البروتينات تصبح [[فيريون|فيريونات]] داخل الخلية، البروتينات المساعدة، التي تساعد على تجميع الفيريونات، أو البروتينات المشاركة في تحلل الخلية. الأنزيمات الفيروسية تساعد على هدم جدار الخلية، في حالة [[عاثية T4]]، بعد عشرين دقيقة بقليل من الحقن يمكن تحرير ثلاثمئة عاثية.<ref>Shors pp. 595–97</ref>

الطريقة الأكبر التي تدافع بها البكتيريا عن نفسها من العواثي هي إنتاج أنزيمات مدمرة للدنا الأجنبي. هذه الأنزيمات، تسمى [[إنزيمات الاقتطاع]]، تقطع الدنا الذي تحقنه العواثي داخل الخلايا البكتيرية.<ref>{{cite journal|author=Bickle TA, Krüger DH|title=Biology of DNA restriction|journal=Microbiol. Rev.|volume=57|issue=2|pages=434–50|year=1993|month=June|pmid=8336674|pmc=372918|url=http://mmbr.asm.org/cgi/pmidlookup?view=long&pmid=8336674|day=01}}</ref> البكتيريا تحتوي أيضا على نظام يستخدم متواليات [[كريسبر]] (CRISPR) للإبقاء على أجزاء من جينومات الفيروسات التي كان للبكتيريا تماس معها في الماضي، مما يسمح لها بمنع الفيروس من التكرار من خلال شكل من [[تداخل الرنا]].<ref>{{cite journal|author=Barrangou R, Fremaux C, Deveau H, ''et al.''|title=CRISPR provides acquired resistance against viruses in prokaryotes|journal=Science (journal)|volume=315|issue=5819|pages=1709–12|year=2007|month=March|pmid=17379808|doi=10.1126/science.1138140}}</ref><ref>{{cite journal|author=Brouns SJ, Jore MM, Lundgren M, ''et al.''|title=Small CRISPR RNAs guide antiviral defense in prokaryotes|journal=Science (journal)|volume=321|issue=5891|pages=960–4|year=2008|month=August|pmid=18703739|doi=10.1126/science.1159689}}</ref> هذا النظام يوفر للبكتيريا [[المناعة|مناعة مكتسبة]] ضد العدوى.

=== العتائق ===
بعض الفيروسات تتكاثر داخل [[عتائق|العتائق]]: هي فيروسات غير عادية ذات الدنا ثنائي السلسلة وأحيانا بأشكال فريدة.<ref name="Lawrence">{{cite journal|author=Lawrence CM, Menon S, Eilers BJ, ''et al.''|title=Structural and functional studies of archaeal viruses|journal=J. Biol. Chem.|volume=284|issue=19|pages=12599–603|year=2009|month=May|pmid=19158076|doi=10.1074/jbc.R800078200|url=http://www.jbc.org/cgi/pmidlookup?view=long&pmid=19158076}}</ref><ref name=Prangishvili/> هذه الفيروسات درست بتفصيل أكثر في العتائق المحبة للحرارة، لا سيما رتبتي سيلفولوبل (Sulfolobales) و[[مستحرات متقلبة|المستحرات المتقلبة]] {{تسم|Thermoproteales}}. ا.<ref>{{cite journal|author=Prangishvili D, Garrett RA|title=Exceptionally diverse morphotypes and genomes of crenarchaeal hyperthermophilic viruses|journal=Biochem. Soc. Trans.|volume=32|issue=Pt 2|pages=204–8|year=2004|pmid=15046572|url=http://www.biochemsoctrans.org/bst/032/0204/bst0320204.htm|doi=10.1042/BST0320204}}</ref> المناعة ضد هذه الفيروسات تستعمل [[تداخل الرنا]] من [[تكرار سلسلة الدنا]] داخل جينوم العتيقة المرتبط بجينات الفيروس.<ref>{{cite journal|author=Mojica FJ, Díez-Villaseñor C, García-Martínez J, Soria E|title=Intervening sequences of regularly spaced prokaryotic repeats derive from foreign genetic elements|journal=J. Mol. Evol.|volume=60|issue=2|pages=174–82|year=2005|pmid=15791728|doi=10.1007/s00239-004-0046-3}}</ref><ref>{{cite journal|author=Makarova KS, Grishin NV, Shabalina SA, Wolf YI, Koonin EV|title=A putative RNA-interference-based immune system in prokaryotes: computational analysis of the predicted enzymatic machinery, functional analogies with eukaryotic RNAi, and hypothetical mechanisms of action|journal=Biol. Direct|volume=1|page=7|year=2006|pmid=16545108|doi=10.1186/1745-6150-1-7|url=http://www.biology-direct.com/content/1/1/7|pages=7}}</ref>

== التطبيقات ==
=== الطب وعلم الأحياء ===
[[ملف:Influenza virus research.jpg|تصغير|يسار|200 بك|عالم يدرس فيروس الانفلونزا [[H5N1]].]]
الفيروسات هامة لدراسة [[علم الأحياء الجزيئي|البيولوجيا الجزيئية]] و[[علم الأحياء الخلوي|الخلوية]] لأنها توفر أنظمة بسيطة يمكن اٍستخدامها في التحقيق في وظائف الخلايا.<ref>Collier p.8</ref> وقد وفرت دراسة واستخدام الفيروسات معلومات قيمة حول جوانب البيولوجيا الخلوية.<ref>Lodish, Harvey; Berk, Arnold; Zipursky, S. Lawrence; Matsudaira, Paul; Baltimore, David; Darnell, James.[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?highlight=Viruses&rid=mcb.section.1408#1422 Viruses:Structure, Function, and Uses] Retrieved on September 16, 2008</ref> على سبيل المثال، أفادة الفيروسات في دراسة [[علم الوراثة]] وساعدة في فهمنا للآليات الأساسية ل[[علم الوراثة الجزيئي]]، مثل [[تنسخ الحمض النووي الريبي منقوص الأكسجين|تنسخ الدنا]]، [[نسخ (وراثة)|النسخ]]، [[معالجة الرنا]]، [[ترجمة (وراثة)|الترجمة]]، نقل [[بروتين|البروتين]] و[[علم المناعة|المناعة]].

يستعمل [[علم الوراثة|علماء الوراثة]] الفيروسات [[ناقل (بيولوجيا جزيئية)|كنواقل]] لاٍدخال الجينات للخلايا التي يقومون بدراستها. وهذا مفيد لجعل خلايا تنتج مادة غريبة أو لدراسة تأثير إدخال جينات جديدة في الجينوم. بطريقة مماثلة، [[علاج بالفيروسات|العلاج بالفيروسات]] يستخدم الفيروسات كنواقل لعلاج أمراض مختلفة، لأنها يمكن أن تستهدف بشكل خاص الخلايا و[[الدنا]]. وتظهر استخدامات واعدة في علاج السرطان و[[علاج جيني|العلاج الجيني]]. اٍستخدم علماء أوروبا الشرقية [[العلاج بالعاثية]] كبديل للمضادات الحيوية لبعض الوقت، ويزداد الاٍهتمام بهذا النهج بسبب اٍرتفاع مستوى [[مقاومة المضادات الحيوية|المقاومة للمضادات الحيوية]] لدى بعض البكتيريا الممرضة.<ref name="pmid16258815">{{cite journal
|author=Matsuzaki S, Rashel M, Uchiyama J, ''et al.''
|title=Bacteriophage therapy: a revitalized therapy against bacterial infectious diseases
|journal=J. Infect. Chemother.
|volume=11
|issue=5
|pages=211–9
|year=2005
|pmid=16258815
|doi=10.1007/s10156-005-0408-9}}</ref>

=== علم المواد والتكنولوجيا النانوية ===
{{مقال تفصيلي|تقنية النانو}}
الاتجاهات الحالية في [[تقنية النانو|تكنولوجيا النانو]] تعد بجعل استخدامات الفيروسات أكثر تنوعا. من وجهة نظر علماء المواد، يمكن اعتبار الفيروسات عضويات نانوية. تحمل الفيروسات على سطحها أدوات خاصة مصممة لعبور حواجز الخلايا المضيفة. حجم وشكل الفيروسات، وعدد وطبيعة المجموعات الوظيفية على سطحها، معرفة على وجه التحديد. يشيع استخدام الفيروسات في علم المواد كسقالات لتساهم بالتعديلات السطحية المرتبطة. هناك نوعية معينة من الفيروسات يمكن أن تكون مصممة من التطور الموجه. والتقنيات القوية التي وضعتها العلوم الأحيائية أصبحت أساس الأساليب الهندسية نحو المواد النانوية (متناهية الصغر)، كما فتحت مجالات واسعة من التطبيقات أمام البيولوجيا والطب.<ref name="fischlechner">{{cite journal
|author=Fischlechner M, Donath E
|title=Viruses as Building Blocks for Materials and Devices
|doi=10.1002/anie.200603445
|journal=Angewandte Chemie International Edition
|volume=46
|page=3184
|year=2007
|pmid=17348058
|last1=Fischlechner
|first1=M
|last2=Donath
|first2=E
|issue=18
|pages=3184–93}}</ref>

وبسبب حجمها وشكلها، وكذلك هياكلها الكيميائية المحددة، استخدمت الفيروسات كقوالب لتنظيم المواد على مقياس النانو. وتشمل الأمثلة الأخيرة العمل ب[[مختبر بحوث البحرية بالولايت المتحدة|مختبر بحوث البحرية]] ب[[واشنطن العاصمة]]، استخدمت جزيئات [[فيروس تبرقش اللوبيا]] لتضخيم الإشارات في أجهزة استشعار [[مصفوفة دنا دقيقة|مصفوفة الدنا الدقيقة]]. في هذا التطبيق، تفصل جزيئات الفيروس [[صباغ|الأصبغة]] [[فلورية|الفلورية]] المستعملة للإشارة إلى منع تشكيل [[ثنائي الوحدات|ثنائيات الوحدات]] غير الفلورية والتي تكون بمثابة [[استخماد التألق|مخمدات]].<ref>{{cite journal|author=Soto CM, Blum AS, Vora GJ, ''et al.''|title=Fluorescent signal amplification of carbocyanine dyes using engineered viral nanoparticles|journal=J. Am. Chem. Soc.|volume=128|issue=15|pages=5184–9|year=2006|month=April|pmid=16608355|doi=10.1021/ja058574x}}</ref> مثال آخر هو استخدام فيروس تبرقش اللوبيا كلوح مقياس نانوي للإلكترونيات الجزيئية.<ref>Blum AS, Soto CM, Wilson CD, et al. (2005). "An Engineered Virus as a Scaffold for Three-Dimensional Self-Assembly on the Nanoscale". ''Small'', '''7,''' 702.</ref>

=== الأسلحة ===
[[ملف:Hemorrhagic smallpox.jpg|تصغير|100 px|رجل من بنغلاديش مصاب بالجدري]]
{{مقال تفصيلي|سلاح بيولوجي}}
قدرة الفيروسات على خلق [[وباء|أوبئة مدمرة]] في المجتمعات البشرية أدت إلى القلق من استخدامها لصنع [[سلاح بيولوجي|اسلحة بيولوجية]]. علاوة على القلق بعد إعادة التخليق الناجحة في المختبر لفيروس أنفلونزا 1918 المشين.<ref>Shors p. 331</ref> فيروس [[جدري|الجدري]] دمر العديد من المجتمعات على مر التاريخ قبل استئصاله. رسميا هناك مركزين فقط في العالم تبقي على مخزونات فيروس الجدري '''المختبر الروسي للنواقل''' و'''مراكز الولايات المتحدة للسيطرة على الأمراض'''.<ref name="pmid18844596">{{cite journal | author = Artenstein AW, Grabenstein JD | title = Smallpox vaccines for biodefense: need and feasibility | journal = Expert Review of Vaccines | volume = 7 | issue = 8 | pages = 1225–37 | year = 2008 | month = October | pmid = 18844596 | doi = 10.1586/14760584.7.8.1225 | url = http://www.future-drugs.com/doi/abs/10.1586/14760584.7.8.1225?url_ver=Z39.88-2003&rfr_id=ori:rid:crossref.org&rfr_dat=cr_pub%3dncbi.nlm.nih.gov | issn = | accessdate = 12 July 2009}}</ref> لكن المخاوف من أنها يمكن أن تستخدم كسلاح لا أساس لها على الإطلاق.<ref name="pmid18844596"/> لقاح الجدرى ليس آمن—خلال سنوات قبل استئصال مرض الجدري أصبح المزيد من الناس مصابين جديا نتيجة التطعيم<ref name="pmid12911836">{{cite journal
|author=Aragón TJ, Ulrich S, Fernyak S, Rutherford GW
|title=Risks of serious complications and death from smallpox vaccination: a systematic review of the United States experience, 1963–1968
|journal=BMC public health
|volume=3
|page=26
|year=2003
|pmid=12911836
|doi=10.1186/1471-2458-3-26
|pages=26}}</ref>—والتطعيم ضد الجدري لم يعد يمارس عالميا.<ref name="pmid15578369">{{cite journal
|author=Weiss MM, Weiss PD, Mathisen G, Guze P
|title=Rethinking smallpox
|journal=Clin. Infect. Dis.
|volume=39
|issue=11
|pages=1668–73
|year=2004
|pmid=15578369
|doi=10.1086/425745}}</ref> وبالتالي، فإن الكثير من البشر الحديثين (المولودين بعد استئصال المرض) يكادون لا يملكون أي مناعة ضد مرض الجدري.<ref name="pmid18844596"/>

== انظر أيضا ==
* [[عوالق هوائية]]
* [[مناعة داخلية]]
* [[نشوء الفيروسات]]

== المراجع ==
<div class="reflist4" style="height: 220px; overflow: auto; padding: 3px" >
{{ثبت المراجع|2}}
</div>

== وصلات خارجية ==
* [http://www.expasy.org/viralzone/ '''نطاق فيروسي'''] المعهد السويسري لموارد المعلوماتية الحيوية حول كل عائلات الفيروسات، يوفر المعلومات العامة، الجزيئية والوبائية.
* [http://faculty.ksu.edu.sa/17353/Documents/27-10-1432%20%20%20%20%20%D8%A7%D9%84%D9%81%D9%8A%D8%B1%D9%88%D8%B3%D8%A7%D8%AA%202.pdf '''الفيروسات''' مواضيع ووثائق] [[جامعة الملك سعود بن عبد العزيز للعلوم الصحية]]
{{تصنيف بلتيمور}}
{{مواضيع الفيروس}}
{{أمراض فيروسية}}
{{شريط مختارة|نسخة=10997933 |تاريخ=22 مايو 2013}}

[[تصنيف:علم الفيروسات]]
[[تصنيف:فيروسات|*]]

{{وصلة مقالة جيدة|es}}
{{وصلة مقالة مختارة|ca}}
{{وصلة مقالة مختارة|en}}
{{وصلة مقالة مختارة|ja}}
{{وصلة مقالة مختارة|ru}}
{{وصلة مقالة مختارة|te}}
{{وصلة مقالة مختارة|vi}}
{{وصلة مقالة مختارة|zh}}